Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL nucleares y plastidiales utilizando la secuenciación del ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura con fines de genética de poblaciones y seguimiento de la madera en la especie maderera neotropical Jacaranda copaia. Se utilizaron 407 SNPs nucleares, 29 de cloroplasto y 31 de loci mitocondriales para genotipar 92 individuos de Brasil, Bolivia, Guayana Francesa y Perú. Sobre la base de las elevadas tasas de amplificación y la diferenciación genética entre poblaciones, se seleccionaron 113 SNP nucleares, 11 de cloroplasto y 4 loci mitocondriales, y se validó su uso para el seguimiento genético del origen de la madera.

Desarrollamos marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y de inserción/deleción (INDEL) para especies de Dipteryx utilizando una combinación de secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura. Del total de 315 loci genotipados utilizando una plataforma MassARRAY, 292 loci fueron variables y polimórficos entre los 73 individuos muestreados de Guayana Francesa, Brasil, Perú y Bolivia. Se desarrolló un conjunto final de 56 SNPs nucleares, 26 SNPs de cloroplasto, 2 INDELs de cloroplasto y 32 SNPs mitocondriales que identifican una estructura poblacional significativa. Este conjunto de loci será útil para los estudios de genética poblacional de las especies de Dipteryx en la Amazonia.

Se utilizó la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura y la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADseq) para identificar marcadores genéticos SNP e INDEL nucleares y plastídicos en Carapa guianensis. Se describen 261 marcadores genéticos que incluyen 237 SNP nucleares, 22 SNP plastídicos y 2 INDEL plastídicos, basados en 96 individuos genotipados de Guayana Francesa, Brasil, Perú y Bolivia. Los 117 mejores SNPs para identificar la estructura de la población y realizar la asignación de individuos se reúnen en cuatro multiplex para el genotipado MassARRAY.

Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL (inserción/eliminación) nucleares y cloroplásticos utilizando la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura para establecer un método de seguimiento genético del origen geográfico de Hymenaea sp. A partir de dos conjuntos iniciales de 358 y 32 loci utilizados para genotipar al menos 94 individuos, se desarrolló un conjunto final de 75 nSNPs, 50 cpSNPs y 6 INDELs que identifican una estructura poblacional significativa.

There is a high international demand for timber from the genus Dipteryx, or “shihuahuaco” as it is known in Peru. Developing tools that allow the identification and discrimination of Dipteryx species is therefore important for supporting management of natural populations and to underpin legal trade of its timber. The objective of this study was the molecular characterization of Dipteryx species in the Peruvian Amazonia. Two plastid regions (cpDNA: trnH–psbA and matK) were sequenced and 11 microsatellite markers (nDNA) were genotyped for 32 individuals identified as Dipteryx charapilla, D. micrantha morphotype 1 and D. micrantha morphotype 2. Using the concatenated sequences of the plastid genes, we identified ten haplotypes that were not shared between the species or between the D. micrantha morphotypes. Haplotypic diversity was greater in D. micrantha morphotype 2 and D. charapill...