Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL nucleares y plastidiales utilizando la secuenciación del ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura con fines de genética de poblaciones y seguimiento de la madera en la especie maderera neotropical Jacaranda copaia. Se utilizaron 407 SNPs nucleares, 29 de cloroplasto y 31 de loci mitocondriales para genotipar 92 individuos de Brasil, Bolivia, Guayana Francesa y Perú. Sobre la base de las elevadas tasas de amplificación y la diferenciación genética entre poblaciones, se seleccionaron 113 SNP nucleares, 11 de cloroplasto y 4 loci mitocondriales, y se validó su uso para el seguimiento genético del origen de la madera.