Nuclear and chloroplastic SNP markers for genetic studies of timber origin for Hymenaea trees

• Autores: Chaves, Camila L., Blanc‑Jolivet, Celine, Sebbenn, Alexandre M., Mader, Malte, Meyer‑Sand, Barbara R. V., Paredes Villanueva, Kathelyn, Honorio Coronado, Eurídice, García Dávila, Carmen, Tysklind, Niklas, Troispoux, Valerie, Massot, Marie, Degen, Bernd
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruana
• Repositorio: IIAP-Institucional
• Lenguaje: inglés
• OAI Identifier: oai:repositorio.iiap.gob.pe:20.500.12921/444
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12921/444; https://doi.org/10.1007/s12686-018-1077-1
• Nivel de acceso: acceso cerrado
• Materia: ADN cloroplástico; Huellas genéticas ADN; Procedencia; Hymenaea; Genotipado

Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL (inserción/eliminación) nucleares y cloroplásticos utilizando la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura para establecer un método de seguimiento genético del origen geográfico de Hymenaea sp. A partir de dos conjuntos iniciales de 358 y 32 loci utilizados para genotipar al menos 94 individuos, se desarrolló un conjunto final de 75 nSNPs, 50 cpSNPs y 6 INDELs que identifican una estructura poblacional significativa.