Development of nuclear and plastid SNP and INDEL markers for population genetic studies and timber traceability of Carapa species

• Autores: Tysklind, Niklas, Blanc Jolivet, Céline, Mader, Malte, Meyer Sand, Barbara R. V., Paredes Villanueva, Kathelyn, Honorio Coronado, Eurídice, García Dávila, Carmen, Sebbenn, Alexandre M., Caron, Henri, Troispoux, Valerie, Guichoux, Erwan
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruana
• Repositorio: IIAP-Institucional
• Lenguaje: inglés
• OAI Identifier: oai:repositorio.iiap.gob.pe:20.500.12921/442
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12921/442; https://doi.org/10.1007/s12686-019-01090-2
• Nivel de acceso: acceso cerrado
• Materia: Carapa guianensis; Meliaceae; Genotipos; Trazabilidad; Huellas genéticas ADN; Polimorfismo de un solo nucleótido; Madera tropical; Carapa surinamensis

Se utilizó la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura y la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADseq) para identificar marcadores genéticos SNP e INDEL nucleares y plastídicos en Carapa guianensis. Se describen 261 marcadores genéticos que incluyen 237 SNP nucleares, 22 SNP plastídicos y 2 INDEL plastídicos, basados en 96 individuos genotipados de Guayana Francesa, Brasil, Perú y Bolivia. Los 117 mejores SNPs para identificar la estructura de la población y realizar la asignación de individuos se reúnen en cuatro multiplex para el genotipado MassARRAY.