Se utilizó la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura y la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADseq) para identificar marcadores genéticos SNP e INDEL nucleares y plastídicos en Carapa guianensis. Se describen 261 marcadores genéticos que incluyen 237 SNP nucleares, 22 SNP plastídicos y 2 INDEL plastídicos, basados en 96 individuos genotipados de Guayana Francesa, Brasil, Perú y Bolivia. Los 117 mejores SNPs para identificar la estructura de la población y realizar la asignación de individuos se reúnen en cuatro multiplex para el genotipado MassARRAY.