El Objetivo del convenio es prevenir y controlar; así como, establecer y desarrollar un programa de lucha contra la Fiebre Aftosa, en un área comprendida por las Provincias de El Oro y Loja en el Ecuador y al Departamento de Tumbes y las provincias de Sullana y Ayabaca del Departamento de Piura en el Perú tendiente a erradicarla. Asimismo, mediante la Decisión 255, del 12 de setiembre de 1989, los Países Miembros de la Comunidad Andina - CAN aprueban el Programa Subregional Andino de Erradicación de la Fiebre Aftosa y mediante la Decisión 519, del 7 de junio de 2002 establecen el Programa Subregional de Erradicación de la Fiebre Aftosa para el período 2002-2009, en el cual se enmarca el Subprograma de Frontera Ecuador – Perú; constituido por las Provincias de Loja, El Oro y Zamora Chinchipe en el Ecuador y los Departamentos de Tumbes, Piura y Cajamarca en el Perú.

Los Servicios Oficiales de Ecuador y Perú concertaron en el marco del Acuerdo Sanitario suscrito entre los Gobiernos de Ecuador y Perú realizar estudios conjuntos de circulación viral y de inmunidad poblacional para evaluar el riesgo de fiebre aftosa en la zona fronteriza común, para tal efecto se llevó a cabo en la ciudad de Machala, Provincia del Oro, Ecuador, un taller de trabajo los días 11 y 12 de Octubre de 2012, con cooperación Técnica de la FAO, con el fin de realizar el diseño del estudio y los procedimientos de campo a desarrollarse por ambos servicios veterinarios oficiales mediante acción en campo de las oficinas locales.