Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue

Descripción del Articulo

En el presente trabajo, se realizó el diseño in-house de cebadores LAMP para el diagnóstico diferencial de los serotipos del virus dengue. Con este fin, secuencias del virus dengue fueron descargadas de la base de datos de GenBank. Las secuencias descargadas fueron alineadas en el software MEGA v7....

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Barrientos Peña, Scarlett
Formato: tesis de grado
Fecha de Publicación:2019
Institución:Universidad Nacional de Piura
Repositorio:UNP-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorio.unp.edu.pe:UNP/1762
Enlace del recurso:https://repositorio.unp.edu.pe/handle/UNP/1762
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Dengue
Serotipo
in-house
LAMP
Isotérmico
Rojo neutro
Ciencias Naturales
id RUMP_bebbc797e6b63138f9f2bc867b4e2686
oai_identifier_str oai:repositorio.unp.edu.pe:UNP/1762
network_acronym_str RUMP
network_name_str UNP-Institucional
repository_id_str 4814
dc.title.es_PE.fl_str_mv Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
title Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
spellingShingle Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
Barrientos Peña, Scarlett
Dengue
Serotipo
in-house
LAMP
Isotérmico
Rojo neutro
Ciencias Naturales
title_short Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
title_full Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
title_fullStr Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
title_full_unstemmed Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
title_sort Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
author Barrientos Peña, Scarlett
author_facet Barrientos Peña, Scarlett
author_role author
dc.contributor.advisor.fl_str_mv Fernández Ponce, Jaime Napoleón
dc.contributor.author.fl_str_mv Barrientos Peña, Scarlett
dc.subject.es_PE.fl_str_mv Dengue
Serotipo
in-house
LAMP
Isotérmico
Rojo neutro
topic Dengue
Serotipo
in-house
LAMP
Isotérmico
Rojo neutro
Ciencias Naturales
dc.subject.ocde.none.fl_str_mv Ciencias Naturales
description En el presente trabajo, se realizó el diseño in-house de cebadores LAMP para el diagnóstico diferencial de los serotipos del virus dengue. Con este fin, secuencias del virus dengue fueron descargadas de la base de datos de GenBank. Las secuencias descargadas fueron alineadas en el software MEGA v7. Posteriormente PrimerExplorer V5 fue utilizado para generar sets de cebadores LAMP candidatos a partir de las regiones más conservadas, por cada serotipo. Cada set de cebadores fue evaluado para la formación de estructuras secundarias y especificidad utilizando OligoAnalyzer v3.1 y Primer Blast, respectivamente. Los sets con funcionamiento experimental específico pasaron a un proceso de optimización de las condiciones de amplificación, empleando colorante rojo neutro como indicador del cambio de pH en un rango de valor de 8U (reacción negativa: amarilla) a 6U (reacción positiva: fucsia). El límite de detección de los sets de cebadores diseñados fue de 664.99 copias/μL para DENV-1, 3035.75 copias/μL para DENV-2, 196476.8 copias/μL para DENV-3, y 207.65 copias/μL para DENV-4. El tiempo de incubación promedio fue de 1 hora ± 10 minutos. La especificidad analítica determinada fue de 100%. Adicionalmente, se evaluó el funcionamiento específico de los cebadores LAMP empleando ARN extraído de siete muestras positivas a DENV-2, más una enzima de transcripción reversa. Los cuatro sets de cebadores diseñados se muestran como una alternativa prometedora para su empleo en las pruebas LAMP.
publishDate 2019
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2019-06-21T17:18:31Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2019-06-21T17:18:31Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2019
dc.type.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
format bachelorThesis
dc.identifier.citation.none.fl_str_mv APA
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unp.edu.pe/handle/UNP/1762
identifier_str_mv APA
url https://repositorio.unp.edu.pe/handle/UNP/1762
dc.language.iso.es_PE.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.fl_str_mv SUNEDU
dc.rights.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri.*.fl_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.format.es_PE.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.es_PE.fl_str_mv Universidad Nacional de Piura
dc.publisher.country.none.fl_str_mv Perú
dc.source.es_PE.fl_str_mv Universidad Nacional de Piura / UNP
dc.source.none.fl_str_mv reponame:UNP-Institucional
instname:Universidad Nacional de Piura
instacron:UNP
instname_str Universidad Nacional de Piura
instacron_str UNP
institution UNP
reponame_str UNP-Institucional
collection UNP-Institucional
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/80073893-d211-4ac4-8bc3-140d378b2cae/download
https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/04e95aec-70d5-4f45-b937-923294a36248/download
https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/31280a34-3e67-42b8-a6a4-d14995e967e2/download
https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/a75507c4-4f62-4dc5-a9c5-d8be07b7ede3/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 8408b335e00348f9a172534c72350e53
bb87e2fb4674c76d0d2e9ed07fbb9c86
c52066b9c50a8f86be96c82978636682
e5a061b422f31d464fb1a0936b7cca59
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv DSPACE7 UNP
repository.mail.fl_str_mv dspace-help@myu.edu
_version_ 1843889083981496320
spelling Fernández Ponce, Jaime NapoleónBarrientos Peña, Scarlett2019-06-21T17:18:31Z2019-06-21T17:18:31Z2019APAhttps://repositorio.unp.edu.pe/handle/UNP/1762En el presente trabajo, se realizó el diseño in-house de cebadores LAMP para el diagnóstico diferencial de los serotipos del virus dengue. Con este fin, secuencias del virus dengue fueron descargadas de la base de datos de GenBank. Las secuencias descargadas fueron alineadas en el software MEGA v7. Posteriormente PrimerExplorer V5 fue utilizado para generar sets de cebadores LAMP candidatos a partir de las regiones más conservadas, por cada serotipo. Cada set de cebadores fue evaluado para la formación de estructuras secundarias y especificidad utilizando OligoAnalyzer v3.1 y Primer Blast, respectivamente. Los sets con funcionamiento experimental específico pasaron a un proceso de optimización de las condiciones de amplificación, empleando colorante rojo neutro como indicador del cambio de pH en un rango de valor de 8U (reacción negativa: amarilla) a 6U (reacción positiva: fucsia). El límite de detección de los sets de cebadores diseñados fue de 664.99 copias/μL para DENV-1, 3035.75 copias/μL para DENV-2, 196476.8 copias/μL para DENV-3, y 207.65 copias/μL para DENV-4. El tiempo de incubación promedio fue de 1 hora ± 10 minutos. La especificidad analítica determinada fue de 100%. Adicionalmente, se evaluó el funcionamiento específico de los cebadores LAMP empleando ARN extraído de siete muestras positivas a DENV-2, más una enzima de transcripción reversa. Los cuatro sets de cebadores diseñados se muestran como una alternativa prometedora para su empleo en las pruebas LAMP.Tesisapplication/pdfspaUniversidad Nacional de PiuraPerúinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/Universidad Nacional de Piura / UNPreponame:UNP-Institucionalinstname:Universidad Nacional de Piurainstacron:UNPDengueSerotipoin-houseLAMPIsotérmicoRojo neutroCiencias NaturalesDiseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengueinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisSUNEDUBiólogoUniversidad Nacional de PiuraTítulo ProfesionalCiencias BiológicasFacultad de CienciasORIGINALCIE-BAR-PEÑ-2019.pdfCIE-BAR-PEÑ-2019.pdfapplication/pdf3646365https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/80073893-d211-4ac4-8bc3-140d378b2cae/download8408b335e00348f9a172534c72350e53MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-81232https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/04e95aec-70d5-4f45-b937-923294a36248/downloadbb87e2fb4674c76d0d2e9ed07fbb9c86MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81327https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/31280a34-3e67-42b8-a6a4-d14995e967e2/downloadc52066b9c50a8f86be96c82978636682MD53TEXTCIE-BAR-PEÑ-2019.pdf.txtCIE-BAR-PEÑ-2019.pdf.txtExtracted texttext/plain144150https://repositorio.unp.edu.pe/bitstreams/a75507c4-4f62-4dc5-a9c5-d8be07b7ede3/downloade5a061b422f31d464fb1a0936b7cca59MD54UNP/1762oai:repositorio.unp.edu.pe:UNP/17622019-08-15 03:00:24.125https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessopen.accesshttps://repositorio.unp.edu.peDSPACE7 UNPdspace-help@myu.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
score 12.686995
Diseño de cebadores específicos de Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP) in-house para la detección diferencial del virus dengue
Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).

Ejemplares Similares