Coexistencia de hipervirulencia y resistencia a carbapenémicos en aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae en Sudamérica: un análisis genómico comparativo

• Autor: Buteau Tapia, Jean Patrick
• Formato: tesis de grado
• Fecha de Publicación: 2024
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/15157
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/15157
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Klebsiella pneumoniae; Klebsiella pneumoniae Hipervirulenta; Determinantes Genómicos de Virulencia; Resistencia a Carbapenémicos; Carbapenemasa; Enterobacteria Resistente a Carbapenémicos; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.01.05; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.08

Antecedentes: Klebsiella pneumoniae hipervirulenta es capaz de producir infecciones invasivas en pacientes sanos e inmunosuprimidos. La superposición de este fenotipo con el fenotipo de resistencia a carbapenémicos es de especial importancia y es sujeto de vigilancia epidemiológica y genómica en el este asiático, Europa y América del Norte. Sin embargo, esta vigilancia es escasa en países de bajos y medianos recursos y no existe información a nivel de Sudamérica. Objetivos: Identificar biomarcadores genéticos de hipervirulencia y otros determinantes de virulencia en genomas completos de aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae productoras de carbapenemasas de Sudamérica, así como sus características clínicas-epidemiológicas, y evaluar la asociación entre la presencia de determinantes de virulencia y sitio de infección y mortalidad. Métodos: Se realizó una búsqueda sistematizada de las secuencias a partir de estudios originales y en la base de genomas del NCBI. Las secuencias fueron analizadas con la herramienta Kleborate y la metadata fue analizada con R Studio. Se calcularon frecuencias absolutas y relativas y se utilizó la prueba de Chi cuadrado para evaluar la asociación entre determinantes de virulencia y sitio de infección y mortalidad. Resultados: Se obtuvieron 1203 secuencias de Klebsiella pneumoniae productoras de carbapenemasas provenientes de 8 países Sudamericanos. Los biomarcadores genéticos de hipervirulencia encontrados fueron los genes codificadores de aerobactina (1.1%), salmoquelina (0.1%) y el gen rmpADC (<0.1%). Otros determinantes de virulencia encontrados fueron yersiniabactina (53.2%), colibactina (24.7%), y los serotipos capsulares K64 (13.9%), K2 (2.2%) y K1 (0.1%). Las secuencias tenían como información asociada sexo (39.7%), edad (38.8%), comorbilidad (31.8%) y desenlace (8%). Se encontró una asociación entre un puntaje de virulencia bajo y una mayor mortalidad y enfermedad invasiva. Conclusión: Se describe la existencia de secuencias de K. pneumoniae productora de carbapenemasa de Sudamérica con biomarcardores de hipervirulencia. Sin embargo, estos biomarcadores de hipervirulencia y otros determinantes genéticos de virulencia se encontraron en menor frecuencia en comparación con Asia y Europa. Por otro lado, se identificó la presencia de secuenciotipos de alto riesgo como el ST11, ST258 y ST437 en todo el territorio Sudamericano lo que resalta la importancia en mejorar la vigilancia genómica en la región.