Towards the production of sustainable biofuels using cyanobacteria

Descripción del Articulo

Desarrolla en in silico un ensamble con biobricks que permita replicar una ruta metabólica capaz de producir terpenos de alto valor para la producción de bisaboleno como precursor de jet fuel en la cianobacteria synechocystis PCC 6803. Para este fin, se usa un software en la nube (benchling) que per...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Espiritu Vergara, Daniel Fredy
Formato: tesis de maestría
Fecha de Publicación:2020
Institución:Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria
Repositorio:Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI
Lenguaje:inglés
OAI Identifier:oai:renati.sunedu.gob.pe:renati/3371
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Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Synechocystis
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description Desarrolla en in silico un ensamble con biobricks que permita replicar una ruta metabólica capaz de producir terpenos de alto valor para la producción de bisaboleno como precursor de jet fuel en la cianobacteria synechocystis PCC 6803. Para este fin, se usa un software en la nube (benchling) que permita usar diferentes partes biológicas como promoters, RBS, codificador de proteínas, terminadores y plásmidos, para crear un dispositivo biológico capaz de replicarse dentro de un plásmido que contendrá todas las partes biológicas mencionadas. Este plásmido será construido usando el estándar de ensamblaje de biobricks con la finalidad de que pueda adherirse al ADN del synechocystis PCC 6803 mediante las secuencias enzimáticas de los prefijos y sufijos que tienen en común. Una vez el ADN del plásmido se una al ADN del synechocystis, esta ultima será capaz de codificar la secuencia de proteínas capaz de producir el bisaboleno como producto principal.
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spelling Karunakaran, EstherEspiritu Vergara, Daniel Fredy2022-07-18T20:52:32Z2022-07-18T20:52:32Z2020-08https://renati.sunedu.gob.pe/handle/sunedu/3163130Desarrolla en in silico un ensamble con biobricks que permita replicar una ruta metabólica capaz de producir terpenos de alto valor para la producción de bisaboleno como precursor de jet fuel en la cianobacteria synechocystis PCC 6803. Para este fin, se usa un software en la nube (benchling) que permita usar diferentes partes biológicas como promoters, RBS, codificador de proteínas, terminadores y plásmidos, para crear un dispositivo biológico capaz de replicarse dentro de un plásmido que contendrá todas las partes biológicas mencionadas. Este plásmido será construido usando el estándar de ensamblaje de biobricks con la finalidad de que pueda adherirse al ADN del synechocystis PCC 6803 mediante las secuencias enzimáticas de los prefijos y sufijos que tienen en común. Una vez el ADN del plásmido se una al ADN del synechocystis, esta ultima será capaz de codificar la secuencia de proteínas capaz de producir el bisaboleno como producto principal.Fossil fuels have been used for centuries as a main source of energy, despite the pollutants that fossil fuels generated in the environment. New alternatives, as biofuels, have arisen as alternatives to diminish the environmental impact, but there are some drawbacks that need to be tackled. To date, biofuels from microorganisms, as known as third-generation biofuels, have drawn attention to researchers owing to the capability to generate biofuels by modifying the genetic material of different microorganisms. Many microorganism consortia to produce biofuels have been studied, but cyanobacteria -a microalgae- have shown to be more sustainable to generate biofuels owing to their similarities to plant chloroplasts to perform photosynthesis. Indeed, cyanobacteria contain the MEP pathway that is a metabolic route to biosynthesise terpenoids. However, the most studied cyanobacterium strain has been Synechocystis sp. PCC 6803. Synechocystis has been studied and engineered to produce terpenoids as squalene, bisabolene, and limonene. To date, bisabolene seems to be more suitable to replace some fossil fuels owing to their physical chemistry properties. However, few studies have been reported to produce bisabolene. This work has been developed to biosynthesise in in silico a construct of a biological device containing both biological elements and a plasmid vector. This biological device is capable of enhancing the yield of bisabolene inside of Synechocystis as a host organism.Perú. Programa Nacional de Becas y Crédito Educativo (Pronabec). Beca Presidente de la República 2019application/pdfengUniversity of SheffieldGBinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.esSuperintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria - SUNEDURegistro Nacional de Trabajos de Investigación - RENATIreponame:Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATIinstname:Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitariainstacron:SUNEDUSynechocystisCianobacteriasBisabolenohttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#2.09.03Towards the production of sustainable biofuels using cyanobacteriaHacia la producción de biocombustibles sostenibles usando cianobacterias: producción de bisaboleno usando cianobacteriasinfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversity of Sheffield. Department of Chemical & Biological EngineeringIngeniería Biológica y de BioprocesosMagíster en Ciencias en Ingeniería Biológica y de Bioprocesoshttp://purl.org/pe-repo/renati/level#maestrohttps://orcid.org/0000-0003-1913-431970441863Ingeniería Biológica y de Bioprocesoshttp://purl.org/pe-repo/renati/type#trabajoDeInvestigacionORIGINALEspirituVergaraDF.pdfEspirituVergaraDF.pdfDisertaciónapplication/pdf1915733https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/1/EspirituVergaraDF.pdf9e001ddc46809f3e50e1a76e75129ff5MD51Autorizacion.pdfAutorizacion.pdfAutorización del registroapplication/pdf148607https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/2/Autorizacion.pdf23dc23adeebf83032089a00d7723b743MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/3/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53TEXTEspirituVergaraDF.pdf.txtEspirituVergaraDF.pdf.txtExtracted texttext/plain111246https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/4/EspirituVergaraDF.pdf.txt35af5f170f0992507a1fb0946c1aba34MD54Autorizacion.pdf.txtAutorizacion.pdf.txtExtracted texttext/plain3349https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/6/Autorizacion.pdf.txte098b177a1be2d71f1232aeb1b21b7c4MD56THUMBNAILEspirituVergaraDF.pdf.jpgEspirituVergaraDF.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1512https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/5/EspirituVergaraDF.pdf.jpg288c39a5e8d5d22b14a8d066935354adMD55Autorizacion.pdf.jpgAutorizacion.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1673https://renati.sunedu.gob.pe/bitstream/renati/3371/7/Autorizacion.pdf.jpgdcf98d224b134ae6fc0e35a1418710d3MD57renati/3371oai:renati.sunedu.gob.pe:renati/33712022-12-14 03:09:11.162Registro Nacional de Trabajos de Investigaciónrenati@sunedu.gob.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Towards the production of sustainable biofuels using cyanobacteria
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