Evaluation of SNP Genotyping in Alpacas Using the Bovine HD Genotyping Beadchip
Descripción del Articulo
The aim of this study was to discover alpaca SNPs by genotyping forty alpaca DNA samples using the BovineHD Genotyping Beadchip. Data analysis was performed with GenomeStudio, Illumina, software. Because different filters and thresholds are reported in the literature we investigated the effects of n...
| Autores: | , , , , |
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| Formato: | artículo |
| Fecha de Publicación: | 2019 |
| Institución: | Consejo Nacional de Ciencia Tecnología e Innovación |
| Repositorio: | CONCYTEC-Institucional |
| Lenguaje: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:repositorio.concytec.gob.pe:20.500.12390/1064 |
| Enlace del recurso: | https://hdl.handle.net/20.500.12390/1064 https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00361 |
| Nivel de acceso: | acceso abierto |
| Materia: | Genética animal https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07 |
| Sumario: | The aim of this study was to discover alpaca SNPs by genotyping forty alpaca DNA samples using the BovineHD Genotyping Beadchip. Data analysis was performed with GenomeStudio, Illumina, software. Because different filters and thresholds are reported in the literature we investigated the effects of no-call threshold and call frequency in identifying positive SNPs. Unique SNPs identified in both reference genomes were kept and mapped on the Vicugna_pacos 2.0.2 genome. |
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Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).
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