El objetivo del presente trabajo fue validar una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real para detectar fragmentos pequeños de ADN con presencia de inhibidores e identificar genéticamente las especies pelágicas utilizadas comúnmente en conservas, harina de pescado y productos congelados. Se diseñaron cebadores para la detección de Cynoscion analis “ayanque” y especies del género Merluccius “merluza” utilizando regiones parciales del gen ATPase6 y regiones control con una longitud menor a 140 bp. Se detectó con alta especificidad y sensibilidad (100%) ADN degradado a 121 ºC por 30 minutos con un límite de detección: 0,00122 ng µl-1 ADN Merluccius gayi gayi, 0,00116 ng µl-1 ADN Merluccius gayi peruanus y 0,00163 ng µl-1 ADN Cynoscion analis y eficiencias de amplificación por encima del 97%. La validación del ensayo demuestra que el método es adecua...