Al Centro Internacional de la Papa (CIP) por haber hecho posible el desarrollo de la presente tesis, y al Concejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica (CONCYTEC) por el financiamiento proporcionado para los estudios de maestría.

DESCRIPCIÓN: El curso Herramientas Bioinformáticas presenta al estudiante los conceptos básicos de bioinformática y los instruye en el uso de herramientas computacionales que les permitirán analizar diferentes tipos de datos biológicos. El estudiante aprenderá a usar diferentes herramientas en línea para la búsqueda y análisis de información relacionada a las diferentes áreas de la biología. El manejo de estas tecnologías de la información facilitará el proceso de aprendizaje del estudiante. PROPÓSITO: Los conocimientos entregados en este curso pretenden capacitar al estudiante en el uso de diferentes herramientas informáticas disponibles en línea para el manejo y análisis de datos biológicos. Se revisarán bases de datos biológicas como NCBI y el Protein Data Bank, centrándose en el correcto uso de los sistemas de búsqueda de genes y proteínas. Además, se conoc...

DESCRIPCIÓN: El curso "Principios de Programación en Bioinformática " provee al estudiante las herramientas necesarias para manejar con eficiencia el sistema operativo GNU/Linux y el lenguaje de programación shell scripting. El manejo de estas herramientas le permitirá al estudiante realizar análisis cuantitativos y cualitativos sobre grandes y pequeños volúmenes de información mediante la creación de scripts, por ejemplo, aquella proveniente de bases de datos públicas conteniendo información biológica. PROPÓSITO: Los conocimientos entregados en este curso tienen como propósito introducir al estudiante adentrarse en el mundo de la programación con shell scripting, explorar sus sintaxis y su estructura específica para diseñar programas únicos y propios. Estos programas serán interpretados y ejecutados por el sistema operativo GNU/Linux que permitirán al alumno analiza...

Obtención de un genoma de referencia para E. uniflora que permita identificar los miembros de la familia de las terpeno sintasas (TPS) que son responsables de la síntesis de terpenos de esta especie. El ensamblaje de novo del genoma, a partir de lecturas secuenciadas utilizando la plataforma Illumina, permitió obtener un tamaño total de 385.1 Mbp con un valor de N50 igual a 26 199 bp. Asimismo, la predicción génica utilizando como referencia proteínas de Viridiplantae permitió obtener 30 663 genes codificadores de proteínas de pitanga. Un análisis de genómica comparativa con otras especies de plantas permitió identificar 2 219 genes específicos de E. uniflora, de los cuales el 40% fueron anotados funcionalmente con 1 772 términos ontológicos. Por otro lado, utilizando la información de la anotación de los genes predichos, se identificaron 20 genes de TPS que representan ...

La resistencia extrema al virus PVY es controlada por los genes Ry y es efectiva contra todas las cepas a diferencia de la resistencia hipersensitiva, la cual es específica para una determinada cepa. En Solanum tuberosum ssp andigena, el responsable de esta resistencia es el gen Ryadg localizado en el cromosoma XI. El presente trabajo tiene como objetivo caracterizar a nivel molecular la región del cromosoma XI donde se localiza el gen Ryadg que confiere resistencia al virus PVY con la finalidad de identificar marcadores moleculares estrechamente ligados al gen, así como el ordenamiento y la distancia de estos en esta región, y aplicar estos marcadores en la identificación de nuevas fuentes de resistencia a este virus en el germoplasma de Solanum tuberosum ssp andigena. La progenie segregante evaluada para determinar el orden y la distancia de los marcadores RySC3, M45 y M6 fue obte...

DESCRIPCIÓN: El curso "Herramientas Bioinformáticas" presenta al estudiante los conceptos básicos de bioinformática y los instruye en el uso de herramientas computacionales que les permitirán analizar diferentes tipos de datos biológicos. El estudiante aprenderá a usar diferentes herramientas en línea para la búsqueda y análisis de información relacionada a las diferentes áreas de la biología. El manejo de estas tecnologías de la información facilitará el proceso de aprendizaje del estudiante. PROPÓSITO: Los conocimientos entregados en este curso pretende capacitar al estudiante en el uso de diferentes herramientas informáticas disponibles en línea para el manejo y análisis de datos biológicos. Se revisarán bases de datos biológicas como NCBI y el Protein Data Bank, centrándose en el correcto uso de los sistemas de búsqueda de genes y proteínas. Además, se cono...

DESCRIPCIÓN: El curso "Ciencias y Tecnologías Ómicas" tiene como propósito expandir la práctica profesional adquirida en Herramientas Bioinformáticas con tecnologías de próxima generación para el estudio de genomas y expresión génica. Se profundizará en las áreas de la genómica, metagenómica y transcriptómica. El curso usará la tecnología de secuenciamiento de Oxford Nanopore Technologies para la generación de datos que luego serán analizados utilizando programas bioinformáticos. PROPÓSITO: El curso está diseñado para proporcionar conocimientos aplicados, detrás de los métodos bioinformáticos, utilizados para el análisis de datos biológicos producidos mediante tecnologías ómicas de alto rendimiento, incluida la secuenciación de próxima generación. El estudiante podrá obtener una visión crítica de los métodos bioinformáticos y ser capaz de aplicar he...