Políticamente la cuenca del río Chillón se encuentra ubicada en su mayoría en el departamento de Lima y en menor proporción en el departamento de Junín; enmarcándose en la provincia de Lima, Callao, Canta, Huarochirí y Yauli respectivamente. La Unidad Hidrográfica del río Chillón, hidrográficamente se encuentra ubicada en la vertiente del pacifico, en la parte central del territorio peruano, siendo sus límites hidrográficos como sigue: Norte: Unidades Hidrográficas 137557 y Chancay Huaral, sur: Unidades Hidrográficas 137555 y Rímac, este: Unidad Hidrográfica del Mantaro y oeste: Océano Pacifico. La unidad hidrográfica del río Chillón se encuentra en la Autoridad Administrativa del Agua Cañete Fortaleza y en la Administración Local del Agua Chillón Rímac Lurín.