Development of nuclear and plastid SNP markers for genetic studies of Dipteryx tree species in Amazonia

• Autores: Honorio Coronado, Eurídice, Blanc-Jolivet, Céline, Mader, Malte, García Dávila, Carmen, Sebbenn, Alexandre M., Meyer Sand, Barbara R. V., Paredes Villanueva, Kathelyn, Tysklind, Niklas, Troispoux, Valerie, Massot, Marie, Degen, Bernd
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruana
• Repositorio: IIAP-Institucional
• Lenguaje: inglés
• OAI Identifier: oai:repositorio.iiap.gob.pe:20.500.12921/441
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12921/441; https://doi.org/10.1007/s12686-019-01081-3
• Nivel de acceso: acceso cerrado
• Materia: Marcadores genéticos; Polimorfismo de un solo nucleótido; Dipteryx; Procedencia; Madera tropical; Amazonía

Desarrollamos marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y de inserción/deleción (INDEL) para especies de Dipteryx utilizando una combinación de secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura. Del total de 315 loci genotipados utilizando una plataforma MassARRAY, 292 loci fueron variables y polimórficos entre los 73 individuos muestreados de Guayana Francesa, Brasil, Perú y Bolivia. Se desarrolló un conjunto final de 56 SNPs nucleares, 26 SNPs de cloroplasto, 2 INDELs de cloroplasto y 32 SNPs mitocondriales que identifican una estructura poblacional significativa. Este conjunto de loci será útil para los estudios de genética poblacional de las especies de Dipteryx en la Amazonia.