Nuclear and plastidial SNP and INDEL markers for genetic tracking studies of Jacaranda copaia

• Autores: Sebbenn, Alexandre M., Blanc‑Jolivet, Celine, Mader, Malte, Meyer‑Sand, Barbara, Paredes Villanueva, Kathelyn, Honorio Coronado, Eurídice, García Dávila, Carmen, Tysklind, Niklas, Troispoux, Valerie, Delcamp, Adline, Degen, Bernd
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruana
• Repositorio: IIAP-Institucional
• Lenguaje: inglés
• OAI Identifier: oai:repositorio.iiap.gob.pe:20.500.12921/443
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12921/443; https://doi.org/10.1007/s12686-019-01097-9
• Nivel de acceso: acceso cerrado
• Materia: Jacaranda copaia; Genotipos; Muestreo secuencial; Huellas genéticas ADN; Trazabilidad; Madera tropical; Polimorfismo de un solo nucleótido

Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL nucleares y plastidiales utilizando la secuenciación del ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura con fines de genética de poblaciones y seguimiento de la madera en la especie maderera neotropical Jacaranda copaia. Se utilizaron 407 SNPs nucleares, 29 de cloroplasto y 31 de loci mitocondriales para genotipar 92 individuos de Brasil, Bolivia, Guayana Francesa y Perú. Sobre la base de las elevadas tasas de amplificación y la diferenciación genética entre poblaciones, se seleccionaron 113 SNP nucleares, 11 de cloroplasto y 4 loci mitocondriales, y se validó su uso para el seguimiento genético del origen de la madera.