Evaluación de dos secuencias de código de barras de ADN en germoplasmas de Arracacia xanthorrhiza (Apiaceae) de Ecuador

• Autores: Dávila, Marta, Laurentín, Hernan, Vásquez Freytez, Carlos Luis, Paredes-Carreño, Sara, Frutos, Vanessa, León, Olguer
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Repositorio: Revista UNMSM - Revista Peruana de Biología
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:ojs.csi.unmsm:article/15829
• Enlace del recurso: https://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/rpb/article/view/15829
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: White carrot; rbcL; psbA-trnH; phylogeny; Andes; Biodiversity; genetic diversity; DNA barcoding; endemic specie; Arracacia; zanahoria blanca; Sierra; filogenia; biodiversity; diversidad genética; códigos de barra de ADN; especie endémica

El presente estudio evalua el gen de cloroplasto rbcL y la región espaciadora no codificante psbA-trnH de Arracacia xanthorrhiza como posible secuencia de código de barra. Se colectó material vegetal de A. xanthorrhiza en huertos de las provincias de Pichincha, Tungurahua y Cotopaxi, las cuales fueron sembradas en condiciones homogéneas en la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Técnica. El análisis del locus rbcL identificó los cinco materiales de A. xanthorrhiza con entre 97 y 99% de homología. La alineación de secuencias del locus rbcL y de psbA-trnH permitió diferenciar dos grupos, el primer grupo con SJ, QU, PP y B, observándose poca diversidad entre ellos, mientras que el segundo grupo está conformado por el material CH cultivado a 3260 m de altitud. En el segundo árbol, se demostró la divergencia entre los materiales colectados en diferentes provincias de la Sierra ecuatoriana, separándolos de acuerdo a su localidad, así como al color de la pulpa de la raíz. La región intergénica no codificadora (psbA-trnH) permitió identificar y obtener la diversidad genética de materiales cultivados de A. xanthorrhiza, provenientes de diversas zonas geográficas de la sierra ecuatoriana, con características morfológicas distintivas. Adicionalmente, esta secuencia pudo diferenciar a A. xanthorrhiza de otras especies de la familia Apiaceae, con lo cual se recomienda como código de barra.
The present study aimed to evaluate the Arracacia xanthorrhiza rbcL chloroplast gene and the non-coding spacer region psbA-trnH as a possible barcode sequence. Plant material of A. xanthorrhiza was collected in orchards of Pichincha, Tungurahua and Cotopaxi provinces. This material were cultivated in standard conditions in the la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Técnica. The rbcL locus analysis identified the five materials of A. xanthorrhiza with between 97 and 99% homology. The sequence alignment of rbcL locus and psbA-trnH allowed to differentiate two groups, the first group with SJ, QU, PP and B, showing low diversity among them, while the second group consisted of the CH material grown in 3260 m of altitude. In the second tree, the divergence between the materials collected in different provinces of the Ecuadorian Sierra was demonstrated, separating them according to their locality, as well as the color of the root pulp The non-coding intergenic region (psbA-trnH) allowed identify and obtain the genetic diversity of cultivated materials of A. xanthorrhiza, from various geographical areas of the Ecuadorian Sierra, with distinctive morphological characteristics. Additionally, this sequence was able to differentiate A. xanthorrhiza from other species of the Apiaceae family, which is recommended as a bar code.