Análisis de la comunidad bacteriana en un suelo de bosque húmedo tropical en San Martín

Descripción del Articulo

El objetivo fue caracterizar la población bacteriana del suelo en un bosque húmedo tropical de San Martín. La Población comprende el área de la Biodiversidad nombre del lugar de estudio, 505,000m2 en tres parcelas de 10,000 m2 Las muestras de suelo fueron preparadas para extracción de ADN metagenómi...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Vásquez Ramírez, Guillermo
Formato: tesis doctoral
Fecha de Publicación:2021
Institución:Universidad Nacional de San Martin - Tarapoto
Repositorio:UNSM-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorio.unsm.edu.pe:11458/4142
Enlace del recurso:http://hdl.handle.net/11458/4142
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:comunidad bacteriana, bosque húmedo tropical, metagenómico, secuenciación de ADN, géneros identificados.
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description El objetivo fue caracterizar la población bacteriana del suelo en un bosque húmedo tropical de San Martín. La Población comprende el área de la Biodiversidad nombre del lugar de estudio, 505,000m2 en tres parcelas de 10,000 m2 Las muestras de suelo fueron preparadas para extracción de ADN metagenómica según el Quick-Start Protocol DNeasy PowerLyzer Powersoil Kit (Qiagen N.V., 2016). La presencia y calidad de ADN se comprobó mediante electroforesis según (Mancilla, 2019); la secuenciación se realizó utilizando el método MiSeq Reagent Nano Kit v2 (Illumina Inc., 2018), en Fisabio, Valencia – España, el análisis de datos fue ejecutado en la plataforma Kraken Metagenomics Base Space, Illumina, que permitió obtener Unidades Taxonómicas Operativas. Las categorías taxonómicas identificadas fueron de 218 géneros de bacterias pertenecientes a 30 filotipos diferentes, siendo el más dominante el filotipo Acidobacteria, 47 clases y 106 familias. Se concluye que las características de la diversidad bacteriana son similares en el total de géneros por muestras; el suelo llega a poblar bacterias que todavía no fueron descritas ni las funciones que realizan y la comparación de librerías de niveles altitudinales muestra estadísticamente que no presentan diferencias significativas. La importante diversidad bacteriana encontrada sugiere estudios específicos en población bacteriana no identificada, así como; de especialidades importantes para la industria, preservación y suministro de cepas para diversos fines (investigación, docencia, aplicaciones biotecnológicas, etc.).
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Estudio de la biodiversidad bacteriana de ecosistemas del departamento del Atlántico como fuente de posibles compuestos antituberculosis y antibacterianos. https://manglar.uninorte.edu.co/bitstream/handle/10584/8705/1042434722.pdf.pdf?sequence=1&isAllowed=y Bhattarai, A., Bhattarai, B., & Pandey, S. (2015). Variation of Soil Microbial Population in Different Soil Horizons. Journal of Microbiology & Experimentation, 2(2), 2–5. https://doi.org/10.15406/jmen.2015.02.00044 Biswas, J. K., Banerjee, A., Rai, M., Naidu, R., Biswas, B., Vithanage, M., Dash, M. C., Sarkar, S. K., & Meers, E. (2018). Potential application of selected metal resistant phosphate solubilizing bacteria isolated from the gut of earthworm (Metaphire posthuma) in plant growth promotion. Geoderma, 330(June), 117–124. https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2018.05.034 Boccolini, M. F. (2016). Impacto de la aplicación prolongada de urea sobre la comunidad de bacterias oxidantes del amoníaco en un suelo argiudol típico de Argentina. https://rdu.unc.edu.ar/handle/11086/4828 Borsetto, C., Amos, G. C. A., da Rocha, U. N., Mitchell, A. L., Finn, R. D., Laidi, R. F., Vallin, C., Pearce, D. A., Newsham, K. K., & Wellington, E. M. H. (2019). Microbial community drivers of PK/NRP gene diversity in selected global soils. Microbiome, 7(1), 1–11. https://doi.org/10.1186/s40168-019-0692-8 Botanic Gardens Conservation International. (2021). GlobalTreeSearch. Dataset: GlobalTreeSearch 1.5. https://doi.org/10.13140/RG.2.2.33593.90725 Buyer, J. S., Baligar, V. C., He, Z., & Arévalo-Gardini, E. (2017). Soil microbial communities under cacao agroforestry and cover crop systems in Peru. Applied Soil Ecology, 120(March), 273–280. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2017.09.009. Contreras, R., Gómez, B., & Veloz, R. (2017). Efecto de las bacterias de suelo de bosque benéficas para plantas. 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Soil bacterial diversity based on management and topography in a silvopastoral system. Applied Soil Ecology, 163, 103918. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2021.103918 Guttières, R., Nunan, N., Raynaud, X., Lacroix, G., Barot, S., Barré, P., Girardin, C., Guenet, B., Lata, J. C., & Abbadie, L. (2021). Temperature and soil management effects on carbon fluxes and priming effect intensity. Soil Biology and Biochemistry, 153, 108103. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2020.108103. Ramírez, D. (2016). Estructura de la comunidad bacteriana en suelos agrícolas con prácticas contrastantes. https://repositorio.cinvestav.mx/handle/cinvestav/1402 Ramírez, J. (2015). Caracterización de bacterias con actividad de ACC desaminasa, como promotoras del crecimiento en Lactuca sativa L. (Lechuga) bajo estrés salino. http://repositorio.cucba.udg.mx:8080/xmlui/handle/123456789/5990 Reyes, L., Carcaño, M., Tapia, A., Jiménez, T., & Mauricio, A. (2016). Importancia de la diversidad microbiana en el suelo. Saberes y Ciencias, 36, 12. https://saberesyciencias.com.mx/ Rocha, G., Santoyo, Y., Bustillos, R., Muñoz, J., Perez y Terron, R., Muñoz, A., Contreras, J. L., Villegas, M. C., & Munive, J. A. (2015). Los microorganismos del suelo y su importancia biotecnológica. Rd-Icuap, January. https://icuap.buap.mx/sites/default/files/revista/2015/01/microorganismos.pdfhttp://hdl.handle.net/11458/4142El objetivo fue caracterizar la población bacteriana del suelo en un bosque húmedo tropical de San Martín. La Población comprende el área de la Biodiversidad nombre del lugar de estudio, 505,000m2 en tres parcelas de 10,000 m2 Las muestras de suelo fueron preparadas para extracción de ADN metagenómica según el Quick-Start Protocol DNeasy PowerLyzer Powersoil Kit (Qiagen N.V., 2016). La presencia y calidad de ADN se comprobó mediante electroforesis según (Mancilla, 2019); la secuenciación se realizó utilizando el método MiSeq Reagent Nano Kit v2 (Illumina Inc., 2018), en Fisabio, Valencia – España, el análisis de datos fue ejecutado en la plataforma Kraken Metagenomics Base Space, Illumina, que permitió obtener Unidades Taxonómicas Operativas. Las categorías taxonómicas identificadas fueron de 218 géneros de bacterias pertenecientes a 30 filotipos diferentes, siendo el más dominante el filotipo Acidobacteria, 47 clases y 106 familias. Se concluye que las características de la diversidad bacteriana son similares en el total de géneros por muestras; el suelo llega a poblar bacterias que todavía no fueron descritas ni las funciones que realizan y la comparación de librerías de niveles altitudinales muestra estadísticamente que no presentan diferencias significativas. La importante diversidad bacteriana encontrada sugiere estudios específicos en población bacteriana no identificada, así como; de especialidades importantes para la industria, preservación y suministro de cepas para diversos fines (investigación, docencia, aplicaciones biotecnológicas, etc.).The objective was to characterize the bacterial population of the soil in a tropical humid forest of San Martín. The Population comprises the “La Biodiversidad” area 505,000m2 in three plots of 10,000 m2 The soil samples were prepared for metagenomic DNA extraction according to the Quick-Start Protocol DNeasy PowerLyzer Powersoil Kit (Qiagen N.V., 2016). The presence and quality of DNA was verified by electrophoresis according to (Mancilla, 2019); The sequencing was carried out using the MiSeq Reagent Nano Kit v2 method (Illumina Inc., 2018), in Fisabio, Valencia - Spain, the data analysis was made in the Kraken Metagenomics Base Space platform, Illumina, which allowed obtaining Operational Taxonomic Units. The taxonomic categories identified were 218 genera of bacteria belonging to 30 different phyllotypes, the most dominant being the Acidobacteria phyllotype, 47 classes and 106 families. It is concluded that the characteristics of bacterial diversity are similar in the total of genera per sample; the soil comes to populate bacteria that have not yet been described or the functions they perform and the comparison of the elevational level libraries shows statistically that they do not present significant differences. The important bacterial diversity found suggests specific studies in unidentified bacterial population, as well as; of important specialties for the industry, preservation and supply of strains for various purposes (research, teaching, biotechnological applications, etc.).TesisApaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de San Martíninfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licences/by-nc-nd/2.5/pe/Universidad Nacional de San MartínRepositorio de Tesis - UNSMreponame:UNSM-Institucionalinstname:Universidad Nacional de San Martin - Tarapotoinstacron:UNSMcomunidad bacteriana, bosque húmedo tropical, metagenómico, secuenciación de ADN, géneros identificados.bacterial community, tropical humid forest, metagenomic, DNA sequencing, identified genera.Análisis de la comunidad bacteriana en un suelo de bosque húmedo tropical en San Martíninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisSUNEDUDoctoradoCiencias AgrariasUniversidad Nacional de San Martín.Facultad de Ciencias AgrariasDoctor en Producción Vegetal y Ecosistemas AgroforestalesPrograma de Doctorado en Producción Vegetal y Ecosistemas AgroforestalesTHUMBNAILDOCT. PROD.VEG.Y ECOS.AGROF. - Guillermo Vásquez Ramírez.pdf.jpgDOCT. PROD.VEG.Y ECOS.AGROF. - Guillermo Vásquez Ramírez.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1268http://repositorio.unsm.edu.pe/bitstream/11458/4142/4/DOCT.%20PROD.VEG.Y%20ECOS.AGROF.%20-%20Guillermo%20V%c3%a1squez%20Ram%c3%adrez.pdf.jpg1e4b85be923ca4140be1768516780b4eMD54ORIGINALDOCT. PROD.VEG.Y ECOS.AGROF. - Guillermo Vásquez Ramírez.pdfDOCT. PROD.VEG.Y ECOS.AGROF. - Guillermo Vásquez Ramírez.pdfcomunidad bacteriana, bosque húmedo tropical, metagenómico, secuenciación de ADN, géneros identificados.application/pdf5737592http://repositorio.unsm.edu.pe/bitstream/11458/4142/1/DOCT.%20PROD.VEG.Y%20ECOS.AGROF.%20-%20Guillermo%20V%c3%a1squez%20Ram%c3%adrez.pdf0bd1902a1e2752a21b9589a903334e1fMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81327http://repositorio.unsm.edu.pe/bitstream/11458/4142/2/license.txtc52066b9c50a8f86be96c82978636682MD52TEXTDOCT. PROD.VEG.Y ECOS.AGROF. - Guillermo Vásquez Ramírez.pdf.txtDOCT. 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Análisis de la comunidad bacteriana en un suelo de bosque húmedo tropical en San Martín
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