Caracterización del metabolismo de polihidroxialcanoatos (PHAs) y genómica de una cepa bacteriana halófila productora de PHAs aislada del salar Laguna Salinas, Arequipa - Perú

• Autor: Mamani Quispe, Mirian Deyssi
• Formato: tesis de grado
• Fecha de Publicación: 2023
• Institución: Universidad Nacional de San Agustín
• Repositorio: UNSA-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.unsa.edu.pe:20.500.12773/17148
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12773/17148
• Nivel de acceso: acceso embargado
• Materia: Halomonas; PHA; Illumina; ONT; ANI.; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03

Los polihidroxialcanoatos (PHAs) son plásticos biodegradables de base biológica que tienen propiedades similares a los plásticos convencionales. Hay evidencias de que los PHAs tienen el potencial para reemplazar a los petro-plásticos. En este sentido, el presente estudio trabajó con una cepa halófila aislada del Salar Laguna de Salinas que es capaz de sintetizar un tipo de PHA. La cepa halófila aislada acumuló un 55 % de PHA con respecto a su peso seco celular (CDW), empleando medio M9 suplementado con 30 g/L de glicerol y a una concentración de 80 g/L de NaCl, obteniendo un rendimiento total de 1,56 g/L de PHA. El análisis mediante cromatografía de gases acoplada a espectroscopia de masa (GC/MS) determinó que el biopolímero acumulado por Halomonas sp. (LS-001) es de tipo poli-3-hidroxibutirato (PHB), polímero formado por monómeros de Metil-éster-3-hidroxibutil, un tipo de PHA de cadena corta. Se realizó la secuenciación del genoma completo de la cepa halófila aislada mediante las tecnologías de Illumina y ONT, produciendo 8.665.819 y 1.026.492 lecturas sin procesar, respectivamente. Realizamos el procesamiento bioinformático para el ensamblaje hibrido utilizando la herramienta Unicycler, obteniendo como resultado un genoma circular de tamaño de 3.840.168 pb (3.84 Mb) con un porcentaje de GC de 54,42%. Mediante el valor de identidad promedio de nucleótidos (ANI) se determinó que la cepa aislada pertenece al género Halomonas con un valor ANI de 84,62 %. Asimismo, se realizó la anotación del genoma identificando 18 genes que codifican rRNA, 61 genes que codifican tRNA y 3,334 genes que codifican proteínas (CDS). La clasificación funcional de los genes codificantes de proteínas se realizó mediante la asignación de categorías funcionales empleando la base de datos y clasificación de COG. Analizamos el genoma de la cepa Halomonas sp. (LS-001) para el análisis de la vía metabólica de biosíntesis de PHB, se identificaron las tres enzimas principales; ß-cetotiolasa (phaA), acetoacetil-CoA reductasa (phaB) y PHA sintasa (phaC1).