Firma genómica para genotipificación de Mycobacterium tuberculosis

• Autor: Jaramillo Valverde, Luis José
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2017
• Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Repositorio: UNMSM-Tesis
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/7115
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12672/7115
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Mycobacterium tuberculosis; Bacterias - Identificación; Genética bacteriana; Genomas; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07

Propone un nuevo conjunto de 10 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) utilizando un total de 249 genomas de Mycobacterium tuberculosis (MTB), que por primera vez se seleccionaron basándose en el principio de inclusión/exclusión (IE) utilizando datos de Spoligotyping y filogenia, seguido de la selección de SNPs no sinónimos presentes en clúster de grupos ortólogos (COG) más conservados de cada genotipo de MTB. La asignación del genotipo utilizando el nuevo conjunto de 10 SNPs fue validado con 34 genomas de MTB adicionales y los resultados mostraron una correlación del 100% con sus genotipos ya conocidos. Nuestro conjunto de 10 SNPs no ha sido reportado previamente y abarca los genotipos de MTB que son más prevalentes en todo el mundo. Este conjunto de SNPs proporciona una resolución superior a las técnicas actuales y podría ser utilizado en epidemiología molecular con marcadores resistentes a fármacos, determinando los factores de riesgo en la transmisión de la tuberculosis en diferentes poblaciones para desarrollar estrategias para el control de esta enfermedad.