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Identificación de genes de referencia en Lupinus mutabilis Sweet para estudios cuantitativos de expresión génica

Descripción del Articulo

Universidad Nacional Agraria La Molina. Facultad de Ciencias. Departamento Académico de Biología
Detalles Bibliográficos
Autor: Linares Huapaya, Susan Maribel
Formato: tesis de grado
Fecha de Publicación:2023
Institución:Universidad Nacional Agraria La Molina
Repositorio:UNALM-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorio.lamolina.edu.pe:20.500.12996/5593
Enlace del recurso:https://hdl.handle.net/20.500.12996/5593
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Lupinus mutabilis
ARN
Biotecnología vegetal
Expresión génica
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spelling Jiménez Dávalos, Jorge EduardoZolla Benites, Gastón7c141868-efe6-4e7e-9db7-9164286389dfLinares Huapaya, Susan Maribel2023-01-17T15:37:37Z2023-01-17T15:37:37Z2023https://hdl.handle.net/20.500.12996/5593Universidad Nacional Agraria La Molina. Facultad de Ciencias. Departamento Académico de BiologíaLos estudios de patrones de expresión en genes requieren mediciones precisas y reproducibles. Por lo que se requiere un control de reacción interno; es decir, un gen de referencia. El cual tenga una variación mínima en su expresión en diferentes tipos de células y bajo condiciones. Es así que muchos genes housekeeping han sido usados como genes de referencia en plantas; tales como, GAPDH, EF-1α, UBQ, UBC, EIF1 y factores de transcripción eucariota. Sin embargo, no siempre han sido apropiados. Además, el número de estos genes en plantas sigue siendo limitado y en Lupinus mutabilis S, no se han reportado. En ese sentido, se planteó identificar y validar genes de referencia en esta especie para estudios de expresión genética. Para ello, se trabajó con el transcriptoma de brotes florales en desarrollo y tejido vegetativo, el mismo que fue filtrado mediante 3 criterios de selección: 1) el coeficiente de variación (CV) <0.10 con un valor promedio de FPKM >10, 2) 5 pruebas de homogeneidad de varianza: Levene, Barlett, F-test, Fligner-Kligner y Hartley (p. valor > 0.05) y 3) CV del p. valor < 0.20 con un valor promedio de FPKM >40. Lo que resultó en la selección de 16 candidatos a genes de referencia. Los mismos que fueron validados por RTPCR en hoja, tallo y raíz. Finalmente, se identificaron 8 genes: RPL11, RPS18, RPS27L, ERF3, OEP24, CESA, AT4G27220, y V-ATPasa, que mostraron un nivel de expresión constante y sin diferencias significativas (P<0.05) a nivel de hoja, tallo y raíz para Lupinus mutabilis bajo condiciones de solución hidropónica La Molina y los genes (RAD52-2 Y CESA) presentaron estabilidad en su expresión, en dos tipos de tejido bajo condiciones de solución hidropónica La Molina y Murashige y Skoog, respectivamente.Gene expression studies require precise and reproducible measurements. Therefore, a reference gene as internal reaction control is needed; which shows a minimal variation in its expression at different tissues under different conditions or treatments. Thus, many housekeeping genes have been used as reference genes in plants; such as, GAPDH, EF-1, UBQ, UBC, EIF1 and eukaryotic transcription factors. However, they have not always been appropriate for gene expression studies. Furthermore, the number of these genes in plants remains limited and there are not studies in Lupinus mutabilis S. Thus, the aim of this research was to identify and validate reference genes in this species for gene expression studies. For this, we worked with the transcriptome of the developing flower buds and vegetative tissue, which was filtered through three selection criteria: 1) the coefficient of variation (CV) < 0.10 with an average value of FPKM > 10, 2) five tests of homogeneity of variance: Levene, Barlett, F-test, Fligner-Kligner and Hartley (p-value > 0.05) and 3) CV of p-value < 0.20 with an average value of FPKM > 40. This allowed to selected 16 candidate reference genes, which were validated by RT-PCR in leaf, stem and root. Finally, 8 genes were identified: RPL11, RPS18, RPS27L, ERF3, OEP24, CESA, At4g27220, and VATPase, these genes showed a constant expression level and without significant differences (P <0.05) at the leaf, stem and root level for Lupinus mutabilis S. that were grown with La Molina hydroponic solution and two genes (RAD52-2 and CESA) showed gene expression stability under La Molina and Murashige and Skoog Basal Nutrient solution conditions, respectively.application/pdfspaUniversidad Nacional Agraria La MolinaPEinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Lupinus mutabilisARNBiotecnología vegetalExpresión génicaFitomejoramientoFrutoGenesPerúPlantas silvestresTécnicas molecularesVariación fenotípicahttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01Identificación de genes de referencia en Lupinus mutabilis Sweet para estudios cuantitativos de expresión génicainfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionreponame:UNALM-Institucionalinstname:Universidad Nacional Agraria La Molinainstacron:UNALMSUNEDUBiologíaUniversidad Nacional Agraria La Molina. Facultad de CienciasBiólogo48046879https://orcid.org/0000-0002-2366-631006058138https://purl.org/pe-repo/renati/type#tesishttps://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional511206Castro Muñoz, María del Rosario JosefinaOgata Gutierrez, KattyMansilla Samaniego, Roberto RamosORIGINALlinares-huapaya-susan-maribel.pdflinares-huapaya-susan-maribel.pdfTexto completoapplication/pdf2606420https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/34fbf494-144e-4c4f-887c-9c06bae33cd8/downloadba92830fa1551790c4e52909ea40b9c6MD51Informe originalidad.pdfInforme originalidad.pdfInforme originalidadapplication/pdf642550https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/bdbcdc7c-4380-4ae1-a95d-3add9471aae9/downloadb1ef0b2093fe6ced851ca6f7c712a614MD52Autorizacion.pdfAutorizacion.pdfAutorizaciónapplication/pdf1481259https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/a730c1e1-93fc-42ae-96fc-b325aa137b7e/download56d0f22a04ec7ea3260057ebaa7986f3MD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81664https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/76edd75c-ee2b-411c-a722-b3107d9e9a16/download97c5bee00fbb4c4f8867bd742b579336MD54TEXTlinares-huapaya-susan-maribel.pdf.txtlinares-huapaya-susan-maribel.pdf.txtExtracted texttext/plain160807https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/f926b844-8a04-4ede-a9ca-9673918d26de/download5a3a060d678c56db1583cdb31c654879MD55Informe originalidad.pdf.txtInforme originalidad.pdf.txtExtracted texttext/plain148907https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/542424ce-d952-4ee2-af3b-c0e45faaed9a/download6e2ebe0bfe707ec7eda4d5850bebecd7MD57Autorizacion.pdf.txtAutorizacion.pdf.txtExtracted texttext/plain9305https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/1d945d0d-f793-4117-b77f-d49d7bfeb61a/downloada960a926918c9f036667160e0300da9fMD59THUMBNAILlinares-huapaya-susan-maribel.pdf.jpglinares-huapaya-susan-maribel.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3229https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/dadfb010-82ab-40c9-8738-5ddf67328463/download06b15a922a087955e2b8c3abac180c6aMD56Informe originalidad.pdf.jpgInforme originalidad.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3345https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/c883f27b-711a-4a3c-badf-668f43a10e75/downloadb902b25b81a74bc3afd7a38de78ea0e7MD58Autorizacion.pdf.jpgAutorizacion.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4426https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/fcf5f922-3993-49f4-872f-5cf0cafb8a01/downloade39e89c1a61f4ccfe7ef4f65f674c556MD51020.500.12996/5593oai:repositorio.lamolina.edu.pe:20.500.12996/55932023-01-18 03:03:30.621https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessopen.accesshttps://repositorio.lamolina.edu.peRepositorio Universidad Nacional Agraria La Molinadspace@lamolina.edu.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