Modelo de un algoritmo eficiente para el alineamiento de secuencias biomoleculares basado en programación paralela

Descripción del Articulo

Presentación que se llevó a cabo durante el V Congreso Internacional de Computación y Telecomunicaciones COMTEL 2013 del 22 al 25 de octubre de 2013 en Lima, Perú. COMTEL, es un certamen organizado por la Facultad de Ingeniería de Sistemas, Cómputo y Telecomunicaciones de la Universidad Inca Garcila...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores: Callisaya Choquecota, Wilson Cesar, Callohuari Quispe, Rosalia
Formato: objeto de conferencia
Fecha de Publicación:2013
Institución:Universidad Inca Garcilaso de la Vega
Repositorio:UIGV-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorio.uigv.edu.pe:20.500.11818/819
Enlace del recurso:https://hdl.handle.net/20.500.11818/819
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Ingeniería de Sistemas
Computación
Ingeniería de programas informáticos
Programas de computadora
Biología computacional
Alineamiento global
Needleman-Wunsh
Programación paralela
Bioinformática
Computer sciences
Computational biology
Global alignment
Parallel programming
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description Presentación que se llevó a cabo durante el V Congreso Internacional de Computación y Telecomunicaciones COMTEL 2013 del 22 al 25 de octubre de 2013 en Lima, Perú. COMTEL, es un certamen organizado por la Facultad de Ingeniería de Sistemas, Cómputo y Telecomunicaciones de la Universidad Inca Garcilaso de la Vega, que congrega a profesionales, investigadores y estudiantes de diversos países con el fin de difundir e intercambiar conocimientos, mostrar experiencias académicas-científicas y soluciones para empresas en las áreas de Computación, Telecomunicaciones y disciplinas afines.
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Éste es el principal problema de la biología computacional. Estas tareas se llevan a cabo actualmente por las herramientas de la bioinformática que han sido desarrollados con algoritmos secuenciales. La programación dinámica, tanto los algoritmos de alineamiento locales (Smith-Waterman) como de alineamiento global (Needleman-Wunsch) determinan el alineamiento óptimo de dos secuencias. Actualmente los ordenadores que tienen más de un núcleo están disponibles para el usuario común, y para usar los múltiples procesadores del ordenador es necesario conocer los paradigmas de programación paralela. Este trabajo presenta una nueva propuesta algorítmica para el alineamiento global usando la programación paralela. Esto requiere de una nueva reformulación del algoritmo de Needleman Wunsh. La implementación del Algoritmo Paralelo ha requerido hacer un llenado de la matriz de scores por sus antidiagonales con todos los procesadores disponibles. El software utilizado para ello fue el C# con la librería TPL (“Task Parallel Library”). La aplicación compara el algoritmo de Needleman-Wunsch con este nuevo algoritmo, comprobando los tiempos de respuesta. Los resultados muestran que el algoritmo paralelo propuesto reduce el tiempo de respuesta en comparación con el algoritmo de alineamiento global de Needleman-Wunsch.spaUniversidad Inca Garcilaso de la Vegainfo:eu-repo/semantics/openAccessUniversidad Inca Garcilaso de la VegaRepositorio Institucional - UIGVreponame:UIGV-Institucionalinstname:Universidad Inca Garcilaso de la Vegainstacron:UIGVIngeniería de SistemasComputaciónIngeniería de programas informáticosProgramas de computadoraBiología computacionalAlineamiento globalNeedleman-WunshProgramación paralelaBioinformáticaComputer sciencesComputational biologyGlobal alignmentParallel programmingBioinformaticsModelo de un algoritmo eficiente para el alineamiento de secuencias biomoleculares basado en programación paralelainfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectTHUMBNAILMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdf.jpgMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg25987https://repositorio.uigv.edu.pe/backend/api/core/bitstreams/73829c92-e6dd-4b1a-8d4f-98c8e63c37aa/content6efa1db3a99cfc95db8e2dee62215d1cMD58TEXTMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdf.txtMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdf.txtExtracted texttext/plain34894https://repositorio.uigv.edu.pe/backend/api/core/bitstreams/a5ca5ff3-77ee-482f-8c15-6795d25fca76/contentb0ce7b358dd78f8f12f36452e03fef74MD57ORIGINALMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdfMemoria-COMTEL-2013-152-160.pdfapplication/pdf984865https://repositorio.uigv.edu.pe/backend/api/core/bitstreams/639f323a-03ee-4d45-96a1-2a7132748828/contentdd7da750e3993e82a73e2c9b98a151dbMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.uigv.edu.pe/backend/api/core/bitstreams/b7901773-7ecd-4a43-bb6c-a62222d81262/content8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD5220.500.11818/819oai:repositorio.uigv.edu.pe:20.500.11818/8192024-10-11 20:55:35.263open.accesshttps://repositorio.uigv.edu.peRepositorio de la Universidad Inca Garcilaso de la Vegarepositorio@uigv.edu.peTk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=
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