Análisis genómico de la resistencia antibiótica y su concordancia genotipo/fenotipo en aislados de Helicobacter pylori

• Autor: Landa Flores, Mishell
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2024
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/16132
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/16132
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: H. pylori; Resistencia Antimicrobiana; Secuenciación de Genoma Completo; Concordancia; Coefciente de Kappa; Fenotipo; Genotipo; http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03; http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.01.05; http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.19

La rápida aparición y propagación de cepas de Helicobacter pylori resistentes ha disminuido la eficacia de la terapia, destacando la necesidad de tratamientos guiados por pruebas de susceptibilidad antibiótica. Sin embargo, las pruebas actuales basadas en cultivos son lentas, costosas y técnicamente desafiantes. Para superar estos obstáculos, se han desarrollado métodos basados en PCR para identificar mutaciones asociadas a la resistencia a claritromicina y levofloxacino, aunque no explican completamente la resistencia a amoxicilina y metronidazol, resultando en baja concordancia con los perfiles fenotípicos. Los métodos basados en la secuenciación del genoma completo (WGS) han demostrado ser eficaces para detectar factores genéticos complejos responsables de la resistencia antimicrobiana en H. pylori. Este proyecto demostró que la WGS puede describir los múltiples mecanismos de resistencia en aislados de H. pylori aisladas de pacientes dispépticos del Hospital y Clínica Cayetano Heredia, estableciendo su concordancia con la susceptibilidad fenotípica para los fármacos de referencia. La resistencia a los fármacos de primera línea fue multifactorial, con cada mutación contribuyendo significativamente en conjunto con otras. Las mutaciones en las posiciones 2142 y 2143 del ARNr 23S fueron marcadores robustos de resistencia a claritromicina, con un índice Kappa de 0.714. La combinación de mutaciones en los genes gyrA y gyrB mejoró la precisión diagnóstica de la resistencia a levofloxacino, con un índice Kappa de 0.598. Para la resistencia a amoxicilina, la combinación de mutaciones en los dominios PBP1A permitió una predicción moderada, con un coeficiente Kappa de 0.281. Las mutaciones en el gen rdxA, que afectan la unión a FMN y la dimerización, junto con los codones de terminación prematura, son factores principales de resistencia al metronidazol (Kappa = 0.44). No se encontraron mutaciones en las posiciones 926-928 del ARNr 16S, sugiriendo mecanismos alternativos en cepas resistentes a tetraciclina.