Primer informe de aislados de enterobacterales productores de OXA-181 en América Latina
Descripción del Articulo
Antecedentes: Las infecciones por Enterobacterales productoras de carbapenemasas (CPE) son una amenaza creciente para la salud publica. Aunque las enzimas carbapenemasas KPC, NDM e IMP son las más frecuentes en todo el mundo, las β-lactamasas tipo OXA-48 (oxacilinasas) están en aumento. Las enzimas...
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Formato: | tesis de grado |
Fecha de Publicación: | 2023 |
Institución: | Universidad Peruana Cayetano Heredia |
Repositorio: | UPCH-Institucional |
Lenguaje: | inglés |
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Antecedentes: Las infecciones por Enterobacterales productoras de carbapenemasas (CPE) son una amenaza creciente para la salud publica. Aunque las enzimas carbapenemasas KPC, NDM e IMP son las más frecuentes en todo el mundo, las β-lactamasas tipo OXA-48 (oxacilinasas) están en aumento. Las enzimas blaOXA-181 (una variante de OXA-48) muestran un alto nivel de actividad hidrolítica contra las penicilinas y un bajo nivel de hidrólisis de los carbapenémicos, con una fuerte preferencia por el imipenem, lo cual es un desafío para el diagnóstico de laboratorio. Objetivo: Caracterizar fenotípicamente y genotípicamente cinco aislamientos clínicos de CPE de dos establecimientos de salud en Lima, Perú. Métodos y Materiales: Estudio transversal, las pruebas de identificación y susceptibilidad se realizaron en el equipo Vitek2(bioMérieux, Francia) y el secuenciamiento de genoma completo se realizó mediante el instrumento Illumina MiSeq(Illumina, EE. UU.). Resultados: Los aislamientos fueron identificados como Klebsiella pneumoniae (n=3), Citrobacter portucalensis y Escherichia coli, todos presentaron fenotipos multirresistentes(MDR). El análisis bioinformático reveló la presencia del gen blaOXA-181 como la única carbapenemasa en todos los aislamientos. También se encontraron genes asociados con la resistencia a aminoglucósidos, tetraciclinas y trimetoprima. El plásmido IncX3 se identificó en todos los genomas en un transposón Tn6361 truncado flanqueado por secuencias de inserción ΔIS26. El gen qnrS1 se encontró aguas abajo de blaOXA-181, lo que confirió resistencia a las fluoroquinolonas a todos los aislados. Conclusión: Reportamos el primer informe de Enterobacterales productores de MDR y OXA-181 de Latinoamérica, en asociación con el gen qnrS1 en plásmidos de tipo IncX3. |
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Métodos y Materiales: Estudio transversal, las pruebas de identificación y susceptibilidad se realizaron en el equipo Vitek2(bioMérieux, Francia) y el secuenciamiento de genoma completo se realizó mediante el instrumento Illumina MiSeq(Illumina, EE. UU.). Resultados: Los aislamientos fueron identificados como Klebsiella pneumoniae (n=3), Citrobacter portucalensis y Escherichia coli, todos presentaron fenotipos multirresistentes(MDR). El análisis bioinformático reveló la presencia del gen blaOXA-181 como la única carbapenemasa en todos los aislamientos. También se encontraron genes asociados con la resistencia a aminoglucósidos, tetraciclinas y trimetoprima. El plásmido IncX3 se identificó en todos los genomas en un transposón Tn6361 truncado flanqueado por secuencias de inserción ΔIS26. El gen qnrS1 se encontró aguas abajo de blaOXA-181, lo que confirió resistencia a las fluoroquinolonas a todos los aislados. Conclusión: Reportamos el primer informe de Enterobacterales productores de MDR y OXA-181 de Latinoamérica, en asociación con el gen qnrS1 en plásmidos de tipo IncX3.Background: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) infections are a growing threat to public health. Although carbapenemase enzymes KPC, NDM and IMP are the most prevalent enzymes worldwide, β-lactamases of the OXA-48 (oxacillinase) type are on the rise. The blaOXA-181 enzymes (a variant of OXA-48) show a high level of hydrolytic activity against penicillins and a low level of hydrolysis of carbapenems, with a strong preference for imipenem, which is a challenge for laboratory diagnosis. Objective: To phenotypically and genotypically characterize five clinical isolates of CPE from two health facilities in Lima, Peru. Methods and Materials: Cross-sectional study, identification and susceptibility tests were performed on the Vitek2 equipment (bioMérieux, France) and whole genome sequencing was performed using the Illumina MiSeq instrument (Illumina, USA). Results: Isolates were identified as Klebsiella pneumoniae (n=3), Citrobacter portucalensis and Escherichia coli, all presenting multidrug resistant (MDR) phenotypes. Bioinformatic analysis revealed the presence of the blaOXA-181 gene as the only carbapenemase in all isolates. Genes associated with resistance to aminoglycosides, tetracyclines and trimethoprim were also found. The IncX3 plasmid was identified in all genomes in a truncated Tn6361 transposon flanked by ΔIS26 insertion sequences. The qnrS1 gene was found downstream of blaOXA-181, which conferred fluoroquinolone resistance to all isolates. Conclusion: We report the first report of MDR OXA-181-producing Enterobacteriaceae from Latin America in association with the qnrS1 gene in IncX3-type plasmids.Submitted by Yazmin Zelaya (yazmin.zelaya.b@upch.pe) on 2023-05-31T22:36:39Z No. of bitstreams: 1 Primer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf: 3227925 bytes, checksum: 87523895c30261746c831d9010dc4fa7 (MD5)Approved for entry into archive by Mirtha Quispe (mirtha.quispe@upch.pe) on 2023-05-31T22:47:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Primer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf: 3227925 bytes, checksum: 87523895c30261746c831d9010dc4fa7 (MD5)Approved for entry into archive by Yazmin Zelaya (yazmin.zelaya.b@upch.pe) on 2023-05-31T22:48:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Primer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf: 3227925 bytes, checksum: 87523895c30261746c831d9010dc4fa7 (MD5)Made available in DSpace on 2023-05-31T22:49:09Z (GMT). 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Facultad de Medicina Alberto HurtadoTecnología Médica en la Especialidad de Laboratorio Clínico y Anatomía Patológica75272535https://orcid.org/0000-0002-0827-8117https://orcid.org/0000-0002-1669-2553https://orcid.org/0000-0002-6887-2599104311354172948146156473https://purl.org/pe-repo/renati/type#tesishttps://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional915126Neyra Valdez, Lidio EdgarLoyola Sosa, Steev OrlandoRiveros Ramírez, Maribel DeniseLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81859https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/20.500.12866/13577/2/license.txtf0cc608fbbde7146ed2121d53f577bd9MD52ORIGINALPrimer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfPrimer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfapplication/pdf3227925https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/20.500.12866/13577/1/Primer_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf87523895c30261746c831d9010dc4fa7MD51Formulario_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfFormulario_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfapplication/pdf612477https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/20.500.12866/13577/3/Formulario_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf6b062890552ef829047d75b40fc3a335MD53Turnitin_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfTurnitin_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfapplication/pdf1257862https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/20.500.12866/13577/4/Turnitin_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf91c863cad315eb6893db19758bdb36f1MD54ActaJurado_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfActaJurado_CuicapuzaArteaga_Diego.pdfapplication/pdf147862https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/20.500.12866/13577/5/ActaJurado_CuicapuzaArteaga_Diego.pdf948781eca3d233de79d47239a1c99e12MD5520.500.12866/13577oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/135772025-08-13 14:45:59.062Repositorio Institucional Universidad Peruana Cayetano Herediarepositorio.institucional@oficinas-upch.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 |
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