Caracterización in silico y análisis filogenético dela malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensisasociada a su proceso de infección

• Autores: Huayhua, Julio K., Rodriguez, Luis A., Sandoval, Gustavo A.
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2016
• Institución: Universidad María Auxiliadora
• Repositorio: Agora
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:ojs2.revistaagora.com:article/50
• Enlace del recurso: https://revistaagora.com/index.php/cieUMA/article/view/50
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: malato sintasa; Paracoccidioides brasiliensis; adhesina, transferasa

Objetivo: Realizar la caracterización in silico de la proteína malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensis relacionada con su proceso de infección. Materiales y métodos: Se obtuvo la secuencia aminoacídica de malato sintasa de P. brasiliensis (código de accesión: AQ75800.3) del GenBank. Dicha secuencia fue utilizada para determinar sus principales parámetros bioquímicos, dominios y regiones conservadas, predicción de estructuras secundarias y modelamiento tridimensional, empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Clustal Omega, PHD Secondary Structure Prediction, SWISSMODEL, Phyre2 y Robetta, respectivamente. La visualización y comparación de los modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol. Finalmente, se buscó el modelo de sustitución aminoacídica con modelgenerator_v_85 y se usó para generar una filogenia de máxima verosimilitud en PHYML, la cual se visualizó en FigTree. Resultados: La malato sintasa de P. brasiliensis es una proteína básica de 60.9 kDa, la cual presenta 53.1% de hélices α, 6.3% de láminas β y 40.6% de loops internos con plegamiento de tipo TIM beta/alpha-barrel. Se observó una estructura conservada entre diversos organismos. Conclusión: La malato sintasa de P. brasiliensis es una transferasa básica de mediano peso molecular que presenta estructura conservada y que estaría relacionada con su proceso de infección y el de otros organismos relacionados.