Evaluation of genomic DNA extraction methods for the identification of Leptospira spp. in bovine urine samples by PCR

• Autores: Revelo Ruales, Alexandra Paola, De La Torre M., Euclides, Martínez C., Galo, Baquero C., María, Casart Q., Yveth
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2020
• Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Repositorio: Revista UNMSM - Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:ojs.csi.unmsm:article/15522
• Enlace del recurso: https://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/15522
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: leptospirosis; zoonosis; diagnosis; DNA extraction; Chelex; PCR; diagnóstico; extracción de ADN

The purpose of this study was to select for the extraction of DNA from Leptospira spp from urine samples for the diagnosis of bovine leptospirosis by PCR. Three methods of DNA extraction methods were used: Ethanol-Sodium Hydroxide (EtNa), Chelex® 100 chelating resin and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit commercial extraction case. The extracted DNA served for the standardization of three PCR protocols for the identification of the rrl, hap1 and rrs genes, respectively, in the AGROCALIDAD, Ecuador laboratory. A total of 72 bovine urine samples were collected from livestock farms in the province of Manabí, Ecuador. Ten positive samples were obtained by amplifying the rrl gene, which identifies the genus Leptospira. Of the genus-positive samples, eight amplified for the hap1 gene, which codes for the main outer membrane protein of pathogenic species. The agreement between the DNA extraction methods was evaluated with Chelex-100, and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit, determining a agreement of 0.74 using the Kappa index.
El presente estudio tuvo la finalidad de seleccionar un protocolo de extracción de ADN de Leptospira spp a partir de muestras de orina para el diagnóstico de leptospirosis bovina mediante PCR. Se utilizaron tres métodos de extracción de ADN: Etanol-Hidróxido de Sodio (EtNa), resina quelante Chelex® 100 y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA Mini Kit. El ADN extraído sirvió para la estandarización de tres protocolos de PCR para la identificación de los genes rrl, hap1 y rrs, respectivamente en el laboratorio de AGROCALIDAD, Ecuador. Se colectaron 72 muestras de orina bovina procedentes de ganaderías de la provincia de Manabí, Ecuador. Se obtuvieron 10 muestras positivas mediante la amplificación del gen rrl, el cual identifica al género Leptospira. De las muestras positivas a género, ocho amplificaron para el gen hap1, el cual codifica para la principal proteína de membrana externa de especies patógenas. Se evaluó la concordancia entre los métodos de extracción de ADN con Chelex-100, y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA Mini Kit, determinándose una concordancia de 0.74 mediante el índice Kappa.   El presente estudio tuvo la finalidad de optimizar un protocolo de extracción de ADN de Leptospira spp. a partir de muestras de orina de bovinos procedentes de ganaderías de los cantones de Chone y Pedernales de la provincia de Manabí, Ecuador. El ADN extraído sirvió para la estandarización de 3 protocolos de PCR en AGROCALIDAD, para lo cual, se colectaron 72 muestras de orina bovina (n=72). Se identificaron 10 excretores renales (n=10) mediante la amplificación del gen rrl, el cual identifica al género Leptospira. De las muestras positivas a género, 8 (n=8) amplificaron para el gen hap1, el cual codifica para la principal proteína de membrana externa de especies patógenas. Se evaluó la concordancia entre los métodos de extracción de ADN con Chelex-100, y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA; y se determinó la existencia de una concordancia de 0,74 mediante el índice Kappa.