Al Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica, por el apoyo económico a través de Becas de Posgrado otorgadas en los años 2004 y 2008, las cuales me permitieron culminar los estudios de maestría en esta casa de estudios y así finalizar con la sustentación de la presente tesis

Se han determinado las principales propiedades bioquímicas e inmunológicas de la enzima similar a trombina (EST) de la serpiente peruana Bothrops atrox (“jergón”). Para este fin, la enzima fue purificada hasta la homogeneidad utilizando tres pasos cromatrográficos en Sephadex G-75, CM-Sephadex C-50 y Agarosa-PAB. Asimismo, se determinó el peso molecular por PAGE-SDS y el porcentaje de carbohidratos asociados mediante hidrólisis y análisis de hexosas, hexosaminas y ácido siálico. Luego se ensayaron las actividades fibrinocoagulante, amidolítica y esterásica, sobre fibrinógeno bovino, BApNA y BAEE, respectivamente, así como la hidrólisis sobre los sustratos cromogénicos S-2238, S-2251 y S-2266 y finalmente se realizó la identificación de la enzima aislada mediante la técnica de peptide mass fingerprinting. Para el análisis inmunoquímico, se inmunizaron conejos albin...

Objetivo: Realizar la caracterización in silico de la protína Dpr de Streptococcus mutans relacionada con su tolerancia al daño oxidativo durante la formación de caries dental humana. Material y métodos: Se empleó la secuencia aminoacídica de la proteína Dpr de S. mutans cepa GS-5 obtenida a partir de la base de datos del GenBank (código de accesión BAA96472.1), la cual fue utilizada para la determinación de sus parámetros bioquímicos, dominios conservados, predicción de estructuras secundarias, modelamiento por homología y la predicción del patrón de interacción entre proteínas empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Prosite, PHD Secondary Structure Prediction, SWISS-MODEL y STRING respectivamente. La visualización de modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol.

Objetivo: Realizar el análisis bioinformático de la proteasa ClpP de Streptococcus mutans relacionada con su tolerancia al estrés químico durante la formación de caries dental humana. Material y métodos: Para llevar a cabo este análisis se ha empleado la secuencia aminoacídica de la proteasa ClpP de S. mutans cepa UA159 obtenida a partir de la base de datos del GenBank (código de accesión Q8DST7.1), la cual fue utilizada para la determinación de sus parámetros bioquímicos, dominios conservados, predicción de estructuras secundarias, modelamiento por homología y la predicción del patrón de interacción entre proteínas empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Prosite, PHD Secondary Structure Prediction, SWISS-MODEL y STRING respectivamente. La visualización de modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol.

Realizar un análisis de las relaciones filogenéticas de la conglutina gamma de L. albus con otras proteínas vegetales y evaluar mediante docking molecular su interacción con moléculas relacionadas al control de la glicemia. Materiales y métodos: Se evaluaron las secuencias de aminoácidos del GenBank mediante BLAST, del cual se obtuvieron similitudes del 20% a 80%. Se usó la aplicación ModelGenerator_v_85 para encontrar el mejor modelo de sustitución y el servidor PHYML para generar un árbol de máxima verosimilitud. Se modeló la proteína en su forma monomérica con Phyre2. Se descargaron del PDB estructuras de insulina humana y relacionadas, se refinaron con 3DRefine y se prepararon con Chimera 1.10.2 para docking. Los análisis de docking se realizaron en ClusPro y se compararon las energías mínimas de los 3 mejores modelos elegidos por CONSRANK. Resultados: Las secuencia...

Determinar la interacción in silico, mediante Docking Molecular con la finalidad de hacer mucho más específicas estas interacciones para futuras alternativas de terapias anti infecciosas. Material y métodos: Para este fin, se obtuvo la secuencia aminoacídica de la proteína de tipo silvestre SrtA de S. mutans (Q8CM62) se obtuvo utilizando la base de datos de UniProt. A partir de estas secuencias se determinaron sus principales parámetros bioquímicos, residuos conservados, predicción de estructuras secundarias así como modelos de homología, empleando las herramientas ProtParam, Clustal Omega, PHD Secondary Structure Prediction y SWISS-MODEL respectivamente. Además, el docking molecular y la red de interacción de proteínas fueron determinados usando SwissDock y STRING. Para el análisis filogenético se utilizó el método G-INS-1 empleando la interfaz MAFFT 7. Resultados: se ...

Objetivo: Realizar el análisis bioinformático de la proteína SAG29 de Arabidopsis thaliana involucrada en la respuesta al estrés salino. Material y métodos: Se realizó la búsqueda de proteínas relacionadas al estrés salino en plantas empleando la base de datos del GenBank. A partir de dicha información, se obtuvo la secuencia aminoacídica de la proteína SAP29 de A. thaliana (código de accesión AED91859.1). Dicha secuencia fue utilizada para determinar sus principales parámetros bioquímicos, dominios conservados entre proteínas cercanamente relacionadas, predicción de estructuras secundarias y modelamiento tridimensional, empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Prosite, PHD Secondary Structure Prediction, SWISS-MODEL y Phyre2, respectivamente. La visualización de modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol.