Objetivos: Determinar la eficacia del proceso de limpieza y desinfección de los endoscopios en un hospital de nivel III, y determinar los agentes patógenos más comunes encontrados antes y después del proceso. Material y métodos: Estudio descriptivo tipo serie de casos realizado en agosto, setiembre y octubre del 2010. Se evaluaron 50 ciclos de limpieza y desinfección de endoscopios. Para el aislamiento de microorganismos patógenos se utilizaron medios de cultivos y las pruebas de coagulasa, oxidasa y de pigmentos, medio Agar selectivo (Agar Verde Brillante, Agar Xilosa Lisina Desoxicolato, Agar con Sulfito de Bismuto), y medio Agar Mc Conkey. Resultados: La media del recuento de microorganismos antes del proceso de limpieza y desinfección de los endoscopios fue 835,3 ± 1 114,6 UFC/ml, la mediana 233 UFC/ml. Después del proceso la media fue 236,3 ± 700,7 UFC/ml y la mediana 10 ...