La presente investigación examina la baja eficiencia en el procesamiento de frutos cítricos en la provincia de Huaral, Lima, Perú. La investigación se llevó a cabo con ayuda de artículos científicos en experiencia con la cadena de suministro, procesos y etapas especialmente en el sector agroindustrial. La contribución que aquí se propone es la disminución de desperdicios en la cadena de suministro mediante el uso de herramientas de Lean Manufacturing como 5S y Balance de línea. Finalmente, se simulará los procesos en una Mype y se distinguirán si las herramientas son las más factibles para el presente caso mediante los resultados obtenidos. Los resultados obtenidos luego de la simulación fueron un incremento en la eficiencia de 6.01%, reducción de merma de 6.70% y tiempo de ciclo de 47.15 minutos.