El presente estudio tuvo como objetivo determinar los grupos filogenéticos de E. coli en quesos frescos artesanales expendidos en los mercados de la ciudad de Huánuco. Se recogieron 50 muestras de quesos frescos artesanales provenientes de los mercados, mercadillos y ferias sabatinas más concurridas de la ciudad, siguiendo las recomendaciones del Manual de análisis Microbiológico de Alimentos. Las muestran fueron cultivadas en Agar EMB para aislar e identificar la presencia de E. coli, y el ADN de las muestras positivas fue extraído para la determinación del grupo filogenético por medio de la amplificación de genes por PCR multiplex. Los resultados mostraron que el 58.1% (25/43) de las muestras pertenecían al grupo filogenético A, el 4.7% (2/43) al filogrupo B1, el 30,2% (13/43) al filogrupo C, el 4.7% (2/43) no se asignaron a ningún grupo y solo el 2.3% (1/43) no presento am...