El objetivo del presente estudio fue determinar la frecuencia de Eimeria spp. en conejos mascota atendidos en una clínica veterinaria del distrito de San Miguel, Lima. Se colectaron 100 muestras de heces de conejos, las cuales fueron procesadas mediante las técnicas de frotis directo y concentración por flotación de Willis. La frecuencia de Eimeria spp. en los conejos evaluados fue de 55% (55/100), siendo más frecuente en los conejos machos (66%, IC 52.87- 79.13), jóvenes (76%, IC 61.84 - 86.16%) y con diarrea (84.62% , IC 77.54-91.69%), siendo estas características las que presentan mayor riesgo de presentar el parásito. Además, se encontró asociación estadísticamente significativa (p<0.05) entre las variables sexo, estrato etario y estado sanitario respecto a la presencia de Eimeria spp.