El cáncer de pene es una enfermedad neoplásica rara en países occidentales, y se presenta con mayor incidencia en países en desarrollo como Brasil, Colombia, Paraguay y Perú. La infección por Papiloma Virus Humano (PVH) aumenta el riesgo de desarrollar cáncer de pene por los genotipos 16 y 18. Mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), empleando Cp-MY09/MY11, podemos detectar infección por PVH. A los casos detectados positivos por PVH, el producto amplificado es sometido a PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Poymorphism), y con una enzima de restricción AFA I, genotipificamos 6 tipos de PVH: 6, 11, 16, 18, 31, y 33, siendo estos los más frecuentes a nivel mundial. En los casos que fueron detección negativa por PVH, se realizó una nested PCR usando primers internos GP5/GP6; dando una mayor sensibilidad a la metodología.