Antecedentes. Para el manejo de sanidad de los cultivos se propone como alternativa limpia el control biológico y dentro de ellos se encuentra los de origen microbiano, pudiendo ser microorganismos aislados de agroecosistemas de otras latitudes o recuperados del mismo agroecosistema, los cuales están adaptados al medio ambiente donde se va a usar y ejercer control frente a la plaga, sin causar perturbaciones en las comunidades microbianas de los agroecosistemas. Objetivos. El estudio se realizó con el objetivo de determinar la capacidad antagónica de aislados nativos de Bacillus spp. frente a dos fitopatógenos de importancia económica en la agricultura de Perú. Metodología. Se realizó la identificación molecular de las 11 cepas nativas de Bacillus spp, y se realizó el enfrentamiento dual contra Botrytis cinerea y Erysiphe necator. Para el fitopatógeno B. cinerea se midió el ...