Anatome Plantarum de Malpighi (1675) surge como un paso natural en el progreso de la biología de las plantas y en especial de la morfología y la anatomía vegetal. El libro está bien escrito y el lenguaje utilizado es generalmente exacto, salvo las limitaciones impuestas por el nivel del conocimiento en la época de Malpighi. Malpighi trata la planta como un sistema y reconoce que sus órganos trabajan de una manera sinérgica. Muchos de los términos utilizados hoy día en la morfología y anatomía vegetal moderna fueron ya empleados por Malpighi. El autor también introdujo en su obra muchas figuras relevantes para apoyar la información aportada, algunas derivadas de observaciones microscópicas. A pesar de los avances registrados desde entonces su obra debe ser considerada, en general, como una monografía moderna de anatomía de las plantas.