Las infecciones por amebas de vida libre causan compromiso cutáneo y neurológico. Estas afecciones presentan una baja frecuencia pero una alta letalidad, mayor al 98%. Generalmente el cuadro clínico es inespecífico y los exámenes de laboratorio no son de gran ayuda, por lo que representa un reto diagnóstico y terapéutico. En este informe presentamos el caso de un paciente de 21 años que fue hospitalizado por un síndrome convulsivo con tumoraciones cerebrales, además de una lesión cutánea en el muslo derecho. El análisis histopatológico, PCR y el cuadro clínico permitieron el diagnóstico de encefalitis amebiana granulomatosa. A pesar del tratamiento, el paciente tuvo un desenlace fatal.