Objetivos: Determinar el efecto de la combinación de los barnices diacetato de clorhexidina 1 % y fluoruro de sodio 5 % sobre Streptococcus mutans en saliva de niños de 3 a 5 años con manchas blancas. Material y métodos: Se incluyeron 45 niños, divididos en 3 grupos: combinación clorhexidina 1 % y fluoruro de sodio 5 % (n=15), fluoruro de sodio 5 % (n=15) y placebo (n=15). Después de 8 semanas se evaluó microbiológicamente. Resultados: Todos los grupos redujeron significativamente los S. mutans, combinación clorhexidina 1 % y fluoruro de sodio 5 % (15.267 ± 9.816; p < 0.05); fluoruro de sodio 5 % (16.267 ± 7.146; p < 0.05); y placebo (9.467 ± 9.326; p < 0.05). Conclusiones: La aplicación combinada diacetato de clorhexidina 1 % y fluoruro de sodio 5 % es efectiva para reducir los S. mutans en la saliva de los niños.