Desde el inicio de la pandemia por COVID-19, la vigilancia genómica del SARS- CoV-2 se consolidó como herramienta clave para entender su evolución y gestionar su impacto. El acceso masivo y en tiempo real a genomas virales permitió relacionar mutaciones con olas de contagio, pero también evidencio la necesidad de métodos más eficientes y menos dependientes de infraestructura costosa. En este contexto, el presente estudio evalúa representaciones de secuencias mediante Frequency Chaos Game Representation (FCGR) combinadas con algoritmos de aprendizaje profundo. Se encontró que usar k = 6 en FCGR ofrece una resolución suficiente para diferenciar linajes con un costo computacional manejable, mientras que valores mayores de k incrementan la resolución a expensas de recursos. Asimismo, se exploran alternativas como la tokenización basada en Byte Pair Encoding (BPE) para mitigar lim...

Cavia porcellus es un roedor doméstico nativo de los Andes que es parte integral de la cultura y la alimentación tradicional andinas. Pese a su importancia y múltiples usos, los recursos genéticos disponibles para su estudio y mejoramiento son escasos y están sesgados al excluir individuos silvestres y nativos. En este estudio se ha identificado y secuenciado 10 individuos entre mejorados, “criollos” y silvestres del género Cavia provenientes de Perú. En total se ha reconstruido el genoma mitocondrial de los 10 individuos secuenciados y se incluyó 1 genoma de la base de datos SRA-NCBI, evaluándose sus relaciones filogenéticas. El individuo de C. tschudii más distanciado genéticamente (i.e. Pachachaca, Andahuaylas) se comporta como un grupo basal mientras que otros C. tschudii (i.e. Pantanos de Villa, Lima) son indiferenciables de C. porcellus. Este trabajo muestra que en ...