The octanol-water partition coefficient (logP) is a crucial indicator in the study of lipophilicity and cell permeability, making it a recurring molecular descriptor in empirical rules for evaluating a molecule's pharmacokinetics. Siderophores are pharmacologically relevant molecules due to their potential Trojan horse effect; however, two major challenges arise: their molecular weight often exceeds 500 Daltons, and there is a lack of databases containing atomic coordinates of their three-dimensional structures and molecular descriptors. In this work, we have created a database containing the SMILES codes of siderophores, their names, associated microorganisms, molecular descriptors, among other information, which is available in our repository at https://github.com/inefable12/siderophores_database. We have also developed a web page to visualize the 2D and 3D structures (https://siderofo...

La Organización Mundial de la Salud a categorizado a Acinetobacter baumannii en la categoría de alta prioridad, debido a que urgen estrategias farmacológicas para combatir su resistencia a los antibióticos. La maquinaria bacteriana de adquisición de hierro ha sido empleada exitosamente en estudios previos con diferentes bacterias Gram-negativas, para internalizar metales abiogénicos coordinados a sideróforos mediante el efecto caballo de Troya, sin embargo, aún no hay reportes con A. baumannii. En este trabajo se realizó un estudio in silico para conocer las posibilidades de aplicación de este efecto en A. baumannii, específicamente analizando su receptor de hierro-sideróforo de tipo hidroxamato (FhuE), y el reconocimiento molecular de los complejos de aluminio-desferrioxamina (Al-DFO) y galio-desferrioxamina (Ga-DFO). Se realizó un análisis estructural y energético de los...

El cáncer es una de las principales causas de muerte en todo el mundo. La búsqueda de compuestos bioactivos contra el cáncer se potencia con el uso de herramientas computacionales y las bases de datos moleculares. Clinopodium Revolutum (CR) es una planta empleada con fines medicinales en diferentes males, sin embargo, hacen falta mayores estudios científicos que respalden su bioactividad. En este trabajo se analizan 55 componentes en el aceite esencial de CR, identificados por GC-MS, con potencial actividad anticancerígena mediante estudios in silico. Se seleccionaron los receptores de fármacos anticancerígenos, como la quinasa dependiente de ciclina 2 (CDK-2), la quinasa dependiente de ciclina 6 (CDK-6), la topoisomerasa-I (Topo I), la topoisomerasa-II (Topo II), el linfoma B de células (Bcl-2) y el receptor 2 del factor crecimiento endotelial vascular (VEGFR-2). Todas estas est...