Búsqueda de genes implicados a la alta resistencia a pirazinamida basado en el análisis transcriptómico de Mycobacterium tuberculosis

• Autor: Mamani Sanca, Fernando Moises
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2022
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/11433
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/11433
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Mycobacterium tuberculosis; Pirazinamida; Transcriptoma; ARN; Genes; Expresión Diferencial; Secuenciación; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.01.05; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.07; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.08

La tuberculosis (TB), enfermedad producida por la bacteria Mycobacterium tuberculosis, es tratada por un conjunto de medicamentos de primera línea incluyendo la pirazinamida (PZA). La PZA es altamente específica y elimina a las micobacterias en su estado semi-latente; sin embargo, aún se desconoce el mecanismo de acción. Las micobacterias resistentes a PZA por lo general presentan mutaciones en el gen pncA que codifica a la proteína pirazinamidasa (Pzasa), la cual transforma a la PZA en su estado activo, ácido pirazinoico (POA), pero se ha podido identificar cepas resistentes con Pzasas activas con ausencia de mutaciones en pncA o con mutaciones que no afectan regiones importantes de la enzima, sugiriendo la presencia de otros mecanismos. El objetivo en el presente trabajo fue identificar genes involucrados en la resistencia a PZA por medio del análisis transcriptómico de la cepa de M. tuberculosis H37Rv cultivada bajo diferentes estados de estrés (pH 6.3 y 7.0 y de 0 y 50 μg/mL de PZA). Las bibliotecas de cDNA generadas a partir del ARN fueron secuenciados en pares terminales (paired-end). Las secuencias se alinearon con el genoma de referencia y las abundancias se cuantificaron utilizando Salmon. El análisis de expresión diferencial se realizó con el paquete edgeR, mientras que el análisis de enriquecimiento génico se realizó con GOseq. Los genes expresados diferencialmente (ED) se identificaron con un logFC ≥ 2 y ≤ -2, y valor p <0,05 umbral. De un total de 3979 genes analizados, se encontraron 13 genes de ED, los cuales están involucrados en actividad similar a las porinas, canales de poro ancho, transportadora transmembrana pasiva y acción antioxidante. El gen Rv0387c de la familia de proteínas PE/PPE, con función probable de porina o transportador de moléculas, podría subexpresarse en presencia de PZA inhibiendo su entrada o salida del POA, aumentando la resistencia a PZA en M. tuberculosis.