Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú

Descripción del Articulo

Introducción: Acinetobacter baummannii es el principal patógeno en la lista de la Organización Mundial de la Salud de resistencia antibiótica. Este ha surgido como patógeno a nivel mundial debido a la expansión de clonas epidémicas internacionales (CI) productoras de carbapenemasas de clase D (tipo...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Levy Blitchtein, Saul
Formato: tesis de grado
Fecha de Publicación:2018
Institución:Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas
Repositorio:UPC-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorioacademico.upc.edu.pe:10757/624828
Enlace del recurso:http://hdl.handle.net/10757/624828
Nivel de acceso:acceso embargado
Materia:Acinetobacter baumannii
Resistencia antimicrobiana
Aislamiento de bacterias
Bacteriemia
id UUPC_e0cd0603f28c7fe0f2a8780da1efd946
oai_identifier_str oai:repositorioacademico.upc.edu.pe:10757/624828
network_acronym_str UUPC
network_name_str UPC-Institucional
repository_id_str 2670
dc.title.en_US.fl_str_mv Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
title Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
spellingShingle Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
Levy Blitchtein, Saul
Acinetobacter baumannii
Resistencia antimicrobiana
Aislamiento de bacterias
Bacteriemia
title_short Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
title_full Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
title_fullStr Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
title_full_unstemmed Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
title_sort Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perú
author Levy Blitchtein, Saul
author_facet Levy Blitchtein, Saul
author_role author
dc.contributor.advisor.fl_str_mv Del Valle Mendoza, Juana Mercedes
dc.contributor.author.fl_str_mv Levy Blitchtein, Saul
dc.subject.en_US.fl_str_mv Acinetobacter baumannii
Resistencia antimicrobiana
Aislamiento de bacterias
Bacteriemia
topic Acinetobacter baumannii
Resistencia antimicrobiana
Aislamiento de bacterias
Bacteriemia
description Introducción: Acinetobacter baummannii es el principal patógeno en la lista de la Organización Mundial de la Salud de resistencia antibiótica. Este ha surgido como patógeno a nivel mundial debido a la expansión de clonas epidémicas internacionales (CI) productoras de carbapenemasas de clase D (tipo OXA). Durante la última década, sin embargo, los reportes de la CI-I en Latinoamérica son escasos e inexistentes para las CI-II y CI-III. Objetivo: Este estudio evalúa la resistencia fenotípica, la presencia de mecanismos moleculares de resistencia a carbapenemos y la relación clonal de 80 muestras clínicas de A. baumannii recolectados desde Febrero de 2014 y Abril de 2016 en dos hospitales de tercer nivel en Lima. Materiales y métodos: La identificación de especies se realizó por espectrometría de masas (MALDI-TOF MS), la susceptibilidad antimicrobiana por difusión de discos y E-test, excepto para colistina, que fue determinado por microdilución en caldo de cultivo e interpretado según las guías del CLSI. Para tigeciclina se utilizó las guías EUCAST para Enterobacterias. Los genes de resistencia a carbapenémicos se detectaron por PCR y secuenciación. La relación clonal se estudió por electroforesis de campo pulsado (PFGE) y MLST con el esquema Pasteur. Resultados: La mayoría de las cepas eran resistentes a carbapenémicos (97.5%) y la susceptibilidad se encontraba elevada únicamente para colistina (95%). La electroforesis de campo pulsado identificó dos clonas principales en ambos hospitales: la clona D comprendiendo 51 aislamientos (61.3%) asociada con la secuencia-tipo 2 (ST2) portadora de OXA-72 y la clona F de 13 aislamientos (16.3%), asociada con ST79 y portadora de OXA-72. Estas eran endémicas en al menos un hospital. Se identificaron cepas ST1 y ST3 productoras de OXA-23, representando aislamientos esporádicos. Resulta resaltante la presencia de la nueva variante OXA-253 de la OXA-143 con una nueva secuencia de inserción (ISAba47). Conclusión: Mientras las líneas clonales predominantes de A. baummannii en Latinoamérica se relacionan con ST79, ST25, ST15 y ST1 productoras de OXA-23, en el estudio se reporta el surgimiento de ST2 altamente resistentes (CI-II) productoras de OXA-72 y la primera identificación de ST3 (CI-III) en Latinoamérica, ambas representando un serio riesgo para la salud pública a nivel mundial.
publishDate 2018
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2019-01-09T23:55:25Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2019-01-09T23:55:25Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2018-10-15
dc.type.en_US.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.type.other.es_PE.fl_str_mv Tesis
dc.type.coar.es_PE.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
format bachelorThesis
dc.identifier.citation.none.fl_str_mv 1. Levy-Blitchtein S, Roca I, Plasencia-Rebata S, Vicente-Taboada W, Velásquez-Pomar J, Muñoz L, et al. Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Peru article [Internet]. Vol. 7, Emerging Microbes and Infections. [Lima, Perú]: Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas(UPC).; 2018. Available from: http://hdl.handle.net/10757/624828
dc.identifier.doi.es_PE.fl_str_mv 10.19083/tesis/624828
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10757/624828
dc.identifier.isni.none.fl_str_mv 0000 0001 2196 144X
identifier_str_mv 1. Levy-Blitchtein S, Roca I, Plasencia-Rebata S, Vicente-Taboada W, Velásquez-Pomar J, Muñoz L, et al. Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Peru article [Internet]. Vol. 7, Emerging Microbes and Infections. [Lima, Perú]: Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas(UPC).; 2018. Available from: http://hdl.handle.net/10757/624828
10.19083/tesis/624828
0000 0001 2196 144X
url http://hdl.handle.net/10757/624828
dc.language.iso.es_PE.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.fl_str_mv SUNEDU
dc.rights.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights.uri.*.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/us/
dc.rights.coar.es_PE.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_f1cf
eu_rights_str_mv embargoedAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/us/
http://purl.org/coar/access_right/c_f1cf
dc.format.en_US.fl_str_mv application/pdf
application/epub
application/msword
dc.publisher.en_US.fl_str_mv Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)
dc.publisher.country.es_PE.fl_str_mv PE
dc.source.es_PE.fl_str_mv Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)
Repositorio Académico - UPC
dc.source.none.fl_str_mv reponame:UPC-Institucional
instname:Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas
instacron:UPC
instname_str Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas
instacron_str UPC
institution UPC
reponame_str UPC-Institucional
collection UPC-Institucional
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/9/Levy_BS.pdf
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/6/Levy_BS.pdf.jpg
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/8/Levy%20BS.Ficha.pdf.jpg
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/5/Levy_BS.pdf.txt
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/7/Levy%20BS.Ficha.pdf.txt
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/10/Levy_BS.pdf
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/11/Levy_BS.epub
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/3/Levy%20BS.Ficha.pdf
https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/12/Levy_BS.docx
bitstream.checksum.fl_str_mv 871d287048fb146ee32d9499bfdb2e72
1a915c4375c7e9e818e3b40820d739b6
9d6a3f6338bf40ec670e7d6f625c0cbe
818cf4fd8e63c186d5477de9d3a1ff6a
2228e977ebea8966e27929f43e39cb67
91de7cffac23f9cc4f6077c69b0ead47
7ae4e03679648367553ab5e9962fe240
c05d11931e1c116532464adad7a2de84
5f57afe9a7cd2f546cf507287ee86731
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio académico upc
repository.mail.fl_str_mv upc@openrepository.com
_version_ 1846065370094370816
spelling 07b0477e1d55a0c217b087d0df738c08Del Valle Mendoza, Juana Mercedes921d6c00b5791377801a985e67ee9d46500Levy Blitchtein, Saul2019-01-09T23:55:25Z2019-01-09T23:55:25Z2018-10-151. Levy-Blitchtein S, Roca I, Plasencia-Rebata S, Vicente-Taboada W, Velásquez-Pomar J, Muñoz L, et al. Emergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Peru article [Internet]. Vol. 7, Emerging Microbes and Infections. [Lima, Perú]: Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas(UPC).; 2018. Available from: http://hdl.handle.net/10757/62482810.19083/tesis/624828http://hdl.handle.net/10757/6248280000 0001 2196 144XIntroducción: Acinetobacter baummannii es el principal patógeno en la lista de la Organización Mundial de la Salud de resistencia antibiótica. Este ha surgido como patógeno a nivel mundial debido a la expansión de clonas epidémicas internacionales (CI) productoras de carbapenemasas de clase D (tipo OXA). Durante la última década, sin embargo, los reportes de la CI-I en Latinoamérica son escasos e inexistentes para las CI-II y CI-III. Objetivo: Este estudio evalúa la resistencia fenotípica, la presencia de mecanismos moleculares de resistencia a carbapenemos y la relación clonal de 80 muestras clínicas de A. baumannii recolectados desde Febrero de 2014 y Abril de 2016 en dos hospitales de tercer nivel en Lima. Materiales y métodos: La identificación de especies se realizó por espectrometría de masas (MALDI-TOF MS), la susceptibilidad antimicrobiana por difusión de discos y E-test, excepto para colistina, que fue determinado por microdilución en caldo de cultivo e interpretado según las guías del CLSI. Para tigeciclina se utilizó las guías EUCAST para Enterobacterias. Los genes de resistencia a carbapenémicos se detectaron por PCR y secuenciación. La relación clonal se estudió por electroforesis de campo pulsado (PFGE) y MLST con el esquema Pasteur. Resultados: La mayoría de las cepas eran resistentes a carbapenémicos (97.5%) y la susceptibilidad se encontraba elevada únicamente para colistina (95%). La electroforesis de campo pulsado identificó dos clonas principales en ambos hospitales: la clona D comprendiendo 51 aislamientos (61.3%) asociada con la secuencia-tipo 2 (ST2) portadora de OXA-72 y la clona F de 13 aislamientos (16.3%), asociada con ST79 y portadora de OXA-72. Estas eran endémicas en al menos un hospital. Se identificaron cepas ST1 y ST3 productoras de OXA-23, representando aislamientos esporádicos. Resulta resaltante la presencia de la nueva variante OXA-253 de la OXA-143 con una nueva secuencia de inserción (ISAba47). Conclusión: Mientras las líneas clonales predominantes de A. baummannii en Latinoamérica se relacionan con ST79, ST25, ST15 y ST1 productoras de OXA-23, en el estudio se reporta el surgimiento de ST2 altamente resistentes (CI-II) productoras de OXA-72 y la primera identificación de ST3 (CI-III) en Latinoamérica, ambas representando un serio riesgo para la salud pública a nivel mundial.Background: Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii is the top-ranked pathogen in the World Health Organisation priority list of antibiotic-resistant bacteria. It emerged as a global pathogen due to the successful expansion of a few epidemic lineages, or international clones (IC), producing acquired class-D carbapenemases (OXA-type). During the last decade, however, reports regarding IC-I isolates in Latin America are scarce and non-existent for IC-II and IC-III isolates. Objective: This study evaluates the phenotypic resistance patterns, the presence of carbapenem-resistance mechanisms and the clonal relatedness of 80 non-duplicate clinical samples of A. baumannii collected from February 2014 through April 2016 at two tertiary care hospitals in Lima. Methods and materials: Species identification was performed by MALDI-TOF MS, antimicrobial susceptibility testing was analysed by disk diffusion and E-test for all antibiotics but colistin, which was determined by broth microdilution, and interpreted according to CLSI guidelines for Acinetobacter spp. Tigecycline results were interpreted following EUCAST guidelines for Enterobacteriaceae. Carbapenemase genes were detected by PCR and Sanger DNA sequencing. The clonal relatedness was examined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and MLST with the Pasteur scheme. Results: Almost all isolates were carbapenem-resistant (97.5%), and susceptibility only remained high for colistin (95%). PFGE showed two main clusters spread between both hospitals: cluster D containing 51 isolates (63.8%) associated with sequence type 2 (ST2) and carrying OXA-72, and cluster F containing 13 isolates (16.3%) associated with ST79 and also carrying OXA-72. ST2 and ST79 were endemic in at least one of the hospitals. International clone I (IC-I) ST1 and IC-III (ST3) OXA-23-producing isolates were also identified. They accounted for sporadic hospital isolates. Interestingly, two isolates carried the novel OXA-253 variant of OXA-143 together with an upstream novel insertion sequence (ISAba47). Conclusion: While the predominant A. baumannii lineages in Latin America are linked to ST79, ST25, ST15, and ST1 producing OXA-23 enzymes, we report the emergence of highly-resistant ST2 (IC-II) isolates in Peru producing OXA-72 and the first identification of ST3 isolates (IC-III) in Latin America, both considered a serious threat to public health worldwide.Tesisapplication/pdfapplication/epubapplication/mswordspaUniversidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)PEinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/us/http://purl.org/coar/access_right/c_f1cfUniversidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)Repositorio Académico - UPCreponame:UPC-Institucionalinstname:Universidad Peruana de Ciencias Aplicadasinstacron:UPCAcinetobacter baumanniiResistencia antimicrobianaAislamiento de bacteriasBacteriemiaEmergence and spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii international clones II and III in Lima, Perúinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisTesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fSUNEDUUniversidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC). Facultad de Ciencias de la SaludLicenciaturaMedicinaMédico cirujano2019-01-09T23:55:25Zhttps://purl.org/pe-repo/renati/type#tesishttps://purl.org/pe-repo/renati/nivel#tituloProfesionalCONVERTED2_3606663CONVERTED2_36024442088-10-01Levy_BS.pdfLevy_BS.pdfapplication/pdf517664https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/9/Levy_BS.pdf871d287048fb146ee32d9499bfdb2e72MD59falseTHUMBNAILLevy_BS.pdf.jpgLevy_BS.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg31541https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/6/Levy_BS.pdf.jpg1a915c4375c7e9e818e3b40820d739b6MD56false2088-10-01Levy BS.Ficha.pdf.jpgLevy BS.Ficha.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg67562https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/8/Levy%20BS.Ficha.pdf.jpg9d6a3f6338bf40ec670e7d6f625c0cbeMD58falseTEXTLevy_BS.pdf.txtLevy_BS.pdf.txtExtracted texttext/plain44671https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/5/Levy_BS.pdf.txt818cf4fd8e63c186d5477de9d3a1ff6aMD55false2088-10-01Levy BS.Ficha.pdf.txtLevy BS.Ficha.pdf.txtExtracted texttext/plain3https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/7/Levy%20BS.Ficha.pdf.txt2228e977ebea8966e27929f43e39cb67MD57falseORIGINALLevy_BS.pdfLevy_BS.pdfapplication/pdf843973https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/10/Levy_BS.pdf91de7cffac23f9cc4f6077c69b0ead47MD510trueLevy_BS.epubLevy_BS.epubapplication/epub197121https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/11/Levy_BS.epub7ae4e03679648367553ab5e9962fe240MD511false2088-10-01Levy BS.Ficha.pdfLevy BS.Ficha.pdfapplication/pdf51465https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/3/Levy%20BS.Ficha.pdfc05d11931e1c116532464adad7a2de84MD53false2088-10-15Levy_BS.docxLevy_BS.docxapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document885684https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/624828/12/Levy_BS.docx5f57afe9a7cd2f546cf507287ee86731MD512false10757/624828oai:repositorioacademico.upc.edu.pe:10757/6248282025-07-19 20:37:44.336Repositorio académico upcupc@openrepository.com
score 13.065919
Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).