Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína quinasa (PknG) de Mycobacterium tuberculosis
Descripción del Articulo
La enzima PknG es una de las 11 serina-treonina quinasas presentes en Mycobacterium tuberculosis. Estas enzimas regulan diferentes procesos fisiológicos. Se ha reportado que PknG es responsable de inhibir la unión lisosoma/fagosoma en el interior de los macrófagos y así asegurar la supervivencia de...
| Autores: | , |
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| Formato: | tesis de grado |
| Fecha de Publicación: | 2023 |
| Institución: | Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas |
| Repositorio: | UPC-Institucional |
| Lenguaje: | español |
| OAI Identifier: | oai:repositorioacademico.upc.edu.pe:10757/671053 |
| Enlace del recurso: | http://doi.org/10.19083/tesis/671053 http://hdl.handle.net/10757/671053 |
| Nivel de acceso: | acceso abierto |
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Bioinformatic characterization for DNA aptamers selected against Mycobacterium tuberculosis (MTB) protein kinase G (PknG)/ Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína kinasa G (PknG) de Mycobacterium tuberculosis |
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Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína quinasa (PknG) de Mycobacterium tuberculosis |
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La enzima PknG es una de las 11 serina-treonina quinasas presentes en Mycobacterium tuberculosis. Estas enzimas regulan diferentes procesos fisiológicos. Se ha reportado que PknG es responsable de inhibir la unión lisosoma/fagosoma en el interior de los macrófagos y así asegurar la supervivencia de la bacteria. Durante la última década se ha propuesto que la inhibición de la PknG podría tener el potencial de afectar la enfermedad en su período de latencia (3). En este estudio analizamos de manera bioinformática aptámeros de ADN frente a PnkG y a su dominio quinasa (RK) a partir de 7 librerías enriquecidas. Se utilizó el programa Fast Aptamer para realizar filtros de selección en base a número de reads, RPM y abundancia, Adicionalmente se utilizaron los programas Mfold y RNA Composer para visualizar posibles estructuras secundarias. Durante el análisis se observó un promedio de 41104 secuencias entre todas las librerías. Al analizar los ratios de enriquecimiento se observó que solo el 10% de las secuencias contra la proteína completa y el 8.9% de las secuencias contra el dominio RK tuvieron un ratio de enriquecimiento mayor a dos. A partir de las cinco librerías seleccionadas contra la proteína diana se seleccionó un TOP10 basado en la abundancia de las secuencias. Se observó que el ratio de enriquecimiento promedio más alto (3.68) se encontró en el TOP 10 de la librería sometida a una concentración de PknG de 20 nM. Finalmente, a partir de los TOP10 de las cinco librerías, se seleccionaron nueve aptámeros según la frecuencia de aparición en más de una librería. Se observó que la secuencia AACACGACCTAACTGTGGGAGGCGAACTGCGCGGCTGTGGGC estuvo presente en cuatro de las cinco condiciones de selección utilizadas. |
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Se utilizó el programa Fast Aptamer para realizar filtros de selección en base a número de reads, RPM y abundancia, Adicionalmente se utilizaron los programas Mfold y RNA Composer para visualizar posibles estructuras secundarias. Durante el análisis se observó un promedio de 41104 secuencias entre todas las librerías. Al analizar los ratios de enriquecimiento se observó que solo el 10% de las secuencias contra la proteína completa y el 8.9% de las secuencias contra el dominio RK tuvieron un ratio de enriquecimiento mayor a dos. A partir de las cinco librerías seleccionadas contra la proteína diana se seleccionó un TOP10 basado en la abundancia de las secuencias. Se observó que el ratio de enriquecimiento promedio más alto (3.68) se encontró en el TOP 10 de la librería sometida a una concentración de PknG de 20 nM. Finalmente, a partir de los TOP10 de las cinco librerías, se seleccionaron nueve aptámeros según la frecuencia de aparición en más de una librería. Se observó que la secuencia AACACGACCTAACTGTGGGAGGCGAACTGCGCGGCTGTGGGC estuvo presente en cuatro de las cinco condiciones de selección utilizadas.The PknG enzyme is one of 11 serine-threonine kinases present in Mycobacterium tuberculosis. These enzymes regulate different physiological processes. It has been reported that PknG is responsible for inhibiting lysosome/phagosome binding within macrophages and thus ensuring the survival of the bacterium. During the last decade it has been proposed that inhibition of PknG may have the potential to affect the disease in its latency period (3). In this study we bioinformatically analyzed DNA aptamers against PknG and its kinase (RK) domain from 7 enriched libraries. The Fast Aptamer program was used to perform selection filters based on number of reads, RPM, and abundance. Additionally, the Mfold and RNA Composer programs were used to visualize possible secondary structures. During the analysis, an average of 41104 sequences were observed among all the libraries. When analyzing the enrichment ratios, it was observed that only 10% of the sequences against the whole protein and 8.9% of the sequences against the RK domain had an enrichment ratio greater than two. From the five libraries selected against the target protein, a TOP10 was selected based on the abundance of the sequences. It was observed that the highest average enrichment ratio (3.68) was found in TOP10 of the library subjected to a PknG concentration of 20 nM. Finally, from the TOP10 of the five libraries, nine aptamers were selected according to the frequency of occurrence in more than one library.TesisODS 3: Salud y bienestarODS 9: Industria, innovación e infraestructuraODS 17: Alianzas para lograr los objetivosapplication/pdfapplication/epubapplication/mswordspaUniversidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)PEhttps://audio.com/raupc/audio/9493<div style="height: 228px; width: 600px;"><iframe src="https://audio.com/embed/audio/1802757583007611?theme=image" style="display:block; border-radius: 6px; border: none; height: 204px; width: 600px;"></iframe><a href='https://audio.com/raupc' style="text-align: center; display: block; color: #A4ABB6; font-size: 12px; font-family: sans-serif; line-height: 16px; margin-top: 8px; overflow: hidden; white-space: nowrap; text-overflow: ellipsis;">@raupc</a></div>SUNEDUinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC)Repositorio Académico - UPCreponame:UPC-Institucionalinstname:Universidad Peruana de Ciencias Aplicadasinstacron:UPCAptámerosPknGPknG-RKCaracterización bioinformáticaAptámeros de ADNMycobacterium tuberculosisAptamersPknGPknG-RKBioinformatic characterizationDNA AptamersMycobacterium tuberculosishttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.01.00https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.00.00Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína quinasa (PknG) de Mycobacterium tuberculosisBioinformatic characterization for DNA aptamers selected against Mycobacterium tuberculosis (MTB) protein kinase G (PknG)/ Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína kinasa G (PknG) de Mycobacterium tuberculosisinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisTesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fUniversidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC). Facultad de Ciencias de la SaludLicenciaturaMedicinaMédico cirujano2024-01-12T19:32:12Zhttps://purl.org/pe-repo/renati/type#tesishttps://orcid.org/0000-0003-2028-631X47009185https://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional912016Milon Mayer, Pohl LuisCornejo Tapia, Angela IreneBuleje Sono, Jose Luis7256217376239700CONVERTED2_3857641Pesantes_MB.pdfPesantes_MB.pdfapplication/pdf1098936https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/8/Pesantes_MB.pdfd935ce1bc29fd3a754f2d7414724aa8fMD58falseTHUMBNAILPesantes_MB.pdf.jpgPesantes_MB.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg30750https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/7/Pesantes_MB.pdf.jpgd2d96271694711b447da6be0c598de5cMD57falsePesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.jpgPesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg28902https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/10/Pesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.jpg3b75a25902bbcd2feb310836aeeb830aMD510falsePesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.jpgPesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg44968https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/12/Pesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.jpgeb630c072e168898107ddd76b1ff6814MD512falsePesantes_MB_Actasimilitud.pdf.jpgPesantes_MB_Actasimilitud.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg41195https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/14/Pesantes_MB_Actasimilitud.pdf.jpg48c0cd6b97ad6a917575b03ee3e6664bMD514falseTEXTPesantes_MB.pdf.txtPesantes_MB.pdf.txtExtracted texttext/plain52093https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/6/Pesantes_MB.pdf.txte53342f454d6423792da9ebfb7719b71MD56falsePesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.txtPesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.txtExtracted texttext/plain2763https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/9/Pesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf.txt3d1ea748623755e6ceb6d684534e2259MD59falsePesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.txtPesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.txtExtracted texttext/plain1738https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/11/Pesantes_MB_Reportesimilitud.pdf.txt09f2269123c5221171177891df01b0d1MD511falsePesantes_MB_Actasimilitud.pdf.txtPesantes_MB_Actasimilitud.pdf.txtExtracted texttext/plain1222https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/13/Pesantes_MB_Actasimilitud.pdf.txte771dc04cdbcd96977b05517847a2603MD513falseORIGINALPesantes_MB.pdfPesantes_MB.pdfapplication/pdf738507https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/1/Pesantes_MB.pdf8d6a8e8b8a71662b5467e28c5f8fc816MD51truePesantes_MB.docxPesantes_MB.docxapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document2299303https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/2/Pesantes_MB.docx6d5748c45fe52e63183d48f489a9fd52MD52falsePesantes_MB_Fichaautorizacion.pdfPesantes_MB_Fichaautorizacion.pdfapplication/pdf1223450https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/3/Pesantes_MB_Fichaautorizacion.pdf95f8cd78e2d885c3f15f10b83732b562MD53falsePesantes_MB_Reportesimilitud.pdfPesantes_MB_Reportesimilitud.pdfapplication/pdf4383977https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/4/Pesantes_MB_Reportesimilitud.pdf63a0d82c64f895d88f63ce904c6cbb37MD54falsePesantes_MB_Actasimilitud.pdfPesantes_MB_Actasimilitud.pdfapplication/pdf122366https://repositorioacademico.upc.edu.pe/bitstream/10757/671053/5/Pesantes_MB_Actasimilitud.pdf79afbdd08576b251f672e2ecb9f2ac41MD55false10757/671053oai:repositorioacademico.upc.edu.pe:10757/6710532024-11-15 21:41:27.573Repositorio académico upcupc@openrepository.com |
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