Identificación de genotipos y linajes de los cuatro serotipos del virus dengue en el Perú durante los años 1998 - 2012

Descripción del Articulo

El dengue es una enfermedad febril aguda viral causada por la infección con uno de los cuatro serotipos del virus del dengue (DENV-1, 2, 3 y 4) que se trasmite al hombre a través del mosquito del género Aedes aegypti. En el presente estudio se identificaron los genotipos y linajes de los cuatro sero...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Mamani Zapana, Enrique Walter
Formato: tesis de grado
Fecha de Publicación:2013
Institución:Universidad Nacional Mayor de San Marcos
Repositorio:UNMSM-Tesis
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/3464
Enlace del recurso:https://hdl.handle.net/20.500.12672/3464
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Dengue - Perú - Epidemiología
Genoma viral
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description El dengue es una enfermedad febril aguda viral causada por la infección con uno de los cuatro serotipos del virus del dengue (DENV-1, 2, 3 y 4) que se trasmite al hombre a través del mosquito del género Aedes aegypti. En el presente estudio se identificaron los genotipos y linajes de los cuatro serotipos del virus dengue a partir de los aislamientos obtenidos en muestras procedentes de diferentes regiones geográficas de Perú durante los años 1998 - 2012. El diseño del estudio fue descriptivo - retrospectivo de las características genéticas, 109 cepas que pertenecen a uno de los cuatro serotipos del virus dengue fueron procesadas por la RT-Nested PCR para amplificar la región del gen E/NS1 y se secuenció el genoma completo de una cepa de DENV-2. Las secuencias fueron alineadas con el programa CLUSTAL X y analizadas con el programa MEGA 5.0 con el algoritmo de distancia Neighbor Joining para E/NS1 y el método de Maximum Likelihood para el genoma completo. Se identificó el serotipo DENV-1, genotipo V, con tres linajes; respecto al serotipo DENV-2, se estableció dos genotipos: el genotipo América con dos linajes y genotipo América/Asia con cinco linajes. El serotipo DENV-3, presentó el genotipo III con cinco linajes y finalmente se halló el serotipo DENV-4 con dos linajes. Se concluye que los cuatro serotipos de los virus dengue aislados en diferentes áreas geográficas de Perú durante los años 1998 - 2012 presentaron variabilidad genética a nivel de genotipos y linajes, siendo el DENV-3 más divergente con cinco linajes y el DENV-4 menos divergente con dos linajes, respecto a los otros serotipos estudiados. Palabras clave: virus dengue, serotipo s virus dengue, genotipo viral, linaje viral, genoma viral
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Las secuencias fueron alineadas con el programa CLUSTAL X y analizadas con el programa MEGA 5.0 con el algoritmo de distancia Neighbor Joining para E/NS1 y el método de Maximum Likelihood para el genoma completo. Se identificó el serotipo DENV-1, genotipo V, con tres linajes; respecto al serotipo DENV-2, se estableció dos genotipos: el genotipo América con dos linajes y genotipo América/Asia con cinco linajes. El serotipo DENV-3, presentó el genotipo III con cinco linajes y finalmente se halló el serotipo DENV-4 con dos linajes. Se concluye que los cuatro serotipos de los virus dengue aislados en diferentes áreas geográficas de Perú durante los años 1998 - 2012 presentaron variabilidad genética a nivel de genotipos y linajes, siendo el DENV-3 más divergente con cinco linajes y el DENV-4 menos divergente con dos linajes, respecto a los otros serotipos estudiados. Palabras clave: virus dengue, serotipo s virus dengue, genotipo viral, linaje viral, genoma viralDengue is an acute febrile viral disease caused by infection with one of the four dengue virus serotypes (DENV-1, 2, 3 and 4) that is transmitted to humans by the mosquito Aedes aegypti. In the present study identified genotypes and line ages of the four dengue virus serotypes from isolates from different geographic regions of Peru from 1998 - 2012. Design of the study was descriptive – retrospective of the genetic features, 109 strains belonging to one of the four dengue virus serotypes were processed by RT-Nested PCR to amplify the gene region E/NS1 and sequenced the full genome of a strain of DENV-2. Sequences were aligned with the program CLUSTAL X and analyzed with the software MEGA 5.0 with the Neighbor-Joining distance algorithm for E/NS1 and Maximum Likelihood method for full genome. Was identified serotype DENV-1, genotype V, with three lineages; respect to serotype DENV-2, were described two genotypes: genotype America with two lineages and genotype Americas/Asia with five lineages. DENV-3 genotype III presented the five lineages and ultimately was found DENV-4 with two lineages. We conclude that the four serotypes of dengue viruses isolated in different geographical areas of Peru during 1998 - 2012 showed genetic variation at the level of genotypes and lineages, DENV-3 remains the most divergent with five lineages and least divergent DENV-4 with two lineages, compared to the other serotypes examined. Keywords: dengue virus, dengue virus serotype, viral genotype, viral lineage, viral genome.TesisspaUniversidad Nacional Mayor de San MarcosPEinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Universidad Nacional Mayor de San MarcosRepositorio de Tesis - UNMSMreponame:UNMSM-Tesisinstname:Universidad Nacional Mayor de San Marcosinstacron:UNMSMDengue - Perú - EpidemiologíaGenoma viralhttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.00Identificación de genotipos y linajes de los cuatro serotipos del virus dengue en el Perú durante los años 1998 - 2012info:eu-repo/semantics/bachelorThesisSUNEDUDoctor en Ciencias BiológicasUniversidad Nacional Mayor de San Marcos. Facultad de Ciencias Biológicas. Unidad de PosgradoDoctoradoCiencias Biológicas06175080https://orcid.org/0000-0001-8471-1675https://purl.org/pe-repo/renati/level#doctorhttps://purl.org/pe-repo/renati/type#tesisORIGINALMamani_ze.pdfMamani_ze.pdfapplication/pdf1799455https://cybertesis.unmsm.edu.pe/bitstreams/e109e643-9949-4f6d-b68f-d33e7941456c/downloadb3ac1b788bbe9a6e699cd3d9d19185fdMD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://cybertesis.unmsm.edu.pe/bitstreams/76ec6bc1-76f0-4a56-b40e-afc6b7cec058/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTMamani_ze.pdf.txtMamani_ze.pdf.txtExtracted texttext/plain105064https://cybertesis.unmsm.edu.pe/bitstreams/ff77c8e4-37ba-4f36-ac9d-c61656482962/downloadf22f7708e2475ff9d51a77ea66e4d6f5MD56THUMBNAILMamani_ze.pdf.jpgMamani_ze.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg13556https://cybertesis.unmsm.edu.pe/bitstreams/bff17ebc-d440-4a17-a7ed-077a553fcb7a/download9c34ae475bc0f5654e04356cb28c0b17MD5720.500.12672/3464oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/34642024-08-15 22:46:27.573https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessopen.accesshttps://cybertesis.unmsm.edu.peCybertesis UNMSMcybertesis@unmsm.edu.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