Caracterización molecular de un nuevo nepovirus encontrado en papa (Solanum tuberosum L.) mediante la tecnología de secuenciación profunda (Deep Sequencing)

• Autor: De Souza Pacheco, Joao Adhemir
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2020
• Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Repositorio: UNMSM-Tesis
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/16158
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12672/16158
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Genomas; Virus - Identificación; Virus - Aspectos genéticos; Virus con ARN; ARN polimerasas; Papas (Tubérculos) - Enfermedades y plagas; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.02; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03

Se obtuvo el genoma bipartito completo (ARN1 y ARN2) de un nuevo nepovirus que infecta a la papa, utilizando la secuenciación y ensamblaje de ARN pequeños, a lo que se le complementó con la secuenciación de Sanger. El ensamblaje de las secuencias para el ARN1 dio 7154 nts y para el ARN2 4527 nts, excluyendo la cola poli A. Cada ARN codifica para una sola poliproteína, flanqueada por regiones 5 'y 3' no traducidas (UTR), esta última seguida por una cola poli A. Las poliproteínas codificadas por el ARN1 y el ARN2 tienen conjuntos de motivos que son característicos de virus en el género Nepovirus. Se encontró que la poliproteína del ARN1 tiene los dominios para una helicasa, una proteína de unión al genoma viral, una proteinasa y una ARN polimerasa dependiente de ARN Por otro lado, la poliproteína del ARN2 tiene los dominios para la proteína de movimiento y para la cubierta proteica. Las comparaciones de secuencias usando la región Pro-Pol y la proteína de la cubierta, incluido el análisis filogenético de estas regiones, mostraron relaciones más cercanas con los nepovirus (71% y 34% de identidad en aminoácidos, respectivamente). Los datos obtenidos apoyan el estado taxonómico de este nuevo virus (llamado tentativamente Potato virus B, PVB) como miembro del género Nepovirus, subgrupo B.