Comparación del algoritmo centro estrella paralelo con uno basado en la colonia artificial de abejas (ABC) en el alineamiento múltiple de secuencias
Descripción del Articulo
Después de un considerable esfuerzo, en la actualidad, se ha desarrollado un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoléculas biológicas, cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. El alineamiento múltiple...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de Publicación: | 2018 |
| Institución: | Universidad Nacional Jorge Basadre Grohmann |
| Repositorio: | UNJBG-Institucional |
| Lenguaje: | español |
| OAI Identifier: | oai:172.16.0.151:UNJBG/3615 |
| Enlace del recurso: | http://repositorio.unjbg.edu.pe/handle/UNJBG/3615 |
| Nivel de acceso: | acceso abierto |
| Materia: | Algoritmos Bioinformática Análisis de datos Biología Secuencias (Matemáticas) |
| Sumario: | Después de un considerable esfuerzo, en la actualidad, se ha desarrollado un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoléculas biológicas, cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. El alineamiento múltiple es el que aporta mayor información biológica, el algoritmo centro estrella que en su proceso usa el alineamiento de pares de Needleman-Wunsch determina el alineamiento óptimo de varias secuencias. El uso de la programación paralela disminuye el tiempo de ejecución de este algoritmo. Los algoritmos de inteligencia de enjambre son ampliamente usados para resolver problemas de optimización en particular el algoritmo de la colonia artificial de abejas (ABC). Este trabajo presenta una comparación del algoritmo centro estrella paralelo con el algoritmo de colonia artificial de abejas en el alineamiento múltiple de secuencias comparando los tiempos de respuesta de ambos algoritmos y los puntajes de sus alineamientos. Se ha adaptado el algoritmo colonia artificial de abejas sin el uso de la programación paralela para realizar el alineamiento múltiple de secuencias. El software utilizado para ello fue el C# con la librería TPL (Task Parallel Library). Los resultados muestran que el algoritmo colonia artificial de abejas tiene un menor tiempo de respuesta mientras más secuencias se tengan que alinear, y si sus longitudes son grandes. |
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Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).
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