Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)

Descripción del Articulo

Universidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Doctorado en Ciencias e Ingeniería Biológicas
Detalles Bibliográficos
Autor: Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel
Formato: tesis doctoral
Fecha de Publicación:2024
Institución:Universidad Nacional Agraria La Molina
Repositorio:UNALM-Institucional
Lenguaje:español
OAI Identifier:oai:repositorio.lamolina.edu.pe:20.500.12996/6334
Enlace del recurso:https://hdl.handle.net/20.500.12996/6334
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:ARN
Cultivo in vitro
Herramientas moleculares
Identificación
Tarwi
Perú
https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01
id UNAL_b0e8e94e112e4eddcfdb0ebc143c3fc7
oai_identifier_str oai:repositorio.lamolina.edu.pe:20.500.12996/6334
network_acronym_str UNAL
network_name_str UNALM-Institucional
repository_id_str 3039
dc.title.es_PE.fl_str_mv Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
title Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
spellingShingle Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel
ARN
Cultivo in vitro
Herramientas moleculares
Identificación
Tarwi
Perú
https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01
title_short Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
title_full Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
title_fullStr Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
title_full_unstemmed Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
title_sort Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
author Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel
author_facet Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel
author_role author
dc.contributor.advisor.fl_str_mv Zolla Benites, Gastón Enrique
dc.contributor.author.fl_str_mv Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel
dc.subject.es_PE.fl_str_mv ARN
Cultivo in vitro
Herramientas moleculares
Identificación
Tarwi
Perú
topic ARN
Cultivo in vitro
Herramientas moleculares
Identificación
Tarwi
Perú
https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01
dc.subject.ocde.es_PE.fl_str_mv https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01
description Universidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Doctorado en Ciencias e Ingeniería Biológicas
publishDate 2024
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2024-03-12T17:40:20Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2024-03-12T17:40:20Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2024
dc.type.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type.version.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12996/6334
url https://hdl.handle.net/20.500.12996/6334
dc.language.iso.es_PE.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.fl_str_mv SUNEDU
dc.rights.es_PE.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri.es_PE.fl_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.format.es_PE.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.es_PE.fl_str_mv Universidad Nacional Agraria La Molina
dc.publisher.country.es_PE.fl_str_mv PE
dc.source.none.fl_str_mv reponame:UNALM-Institucional
instname:Universidad Nacional Agraria La Molina
instacron:UNALM
instname_str Universidad Nacional Agraria La Molina
instacron_str UNALM
institution UNALM
reponame_str UNALM-Institucional
collection UNALM-Institucional
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/59d38daa-d247-40e5-9f97-37a53fd6db9b/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/09f69113-c8f1-4695-b7f1-0b6d81280b00/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/28edfd89-7199-458d-9c5c-61c070eec328/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/b8b78f26-24a8-4635-b57a-32e01cf64514/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/ef4ca7ba-82bd-4363-9a24-77a13489d937/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/48c06243-395d-49cd-b8ca-6a8d80004094/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/d704f275-31bf-419c-856e-142fd6cb4a10/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/2c01842b-6c8c-4de0-b21f-1a68c82bba19/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/fcdadc99-58e6-4a3f-8b44-4cd9461ab187/download
https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/7c09a3df-c211-46a0-ac67-2c2102365152/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 97c5bee00fbb4c4f8867bd742b579336
813a5fb5dfecfc3783e243f13897ebe0
a8f13b8685dc88fd1673708af45624bb
76e444c4606703c10dc9ef0ebe215cee
a93fb67032cf92edca7937591754ab9a
bf5fb0a6c124c7b3dc698a47b0991dd6
098289da42e4abf7a56451bb40747025
b85f9baac91232439186e9a7cbc08d2e
6a222066be9a81f5b48e23cdb34d75d9
b738d047b451c3b905485618f6c41e36
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Universidad Nacional Agraria La Molina
repository.mail.fl_str_mv dspace@lamolina.edu.pe
_version_ 1843170385213784064
spelling Zolla Benites, Gastón Enrique7f8440f5-38e5-4a00-9ccf-a5cb95f57f73Hidalgo Rodríguez, José Ernesto Manuel2024-03-12T17:40:20Z2024-03-12T17:40:20Z2024https://hdl.handle.net/20.500.12996/6334Universidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Doctorado en Ciencias e Ingeniería BiológicasEl tarwi (Lupinus mutabilis) es una leguminosa con un alto potencial agronómico y aunque su genoma aún no ha sido secuenciado, cuenta con importante información transcriptómica disponible. Sin embargo, no se han estudiado los ARN de cadena larga no codificante (ARNlncs) en esta especie. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue identificar los ARNlncs en 12 librerías de ARN-seq de tarwi. Para lograrlo, se empleó un enfoque multifacético que involucró la predicción, anotación, ubicación celular, caracterización termodinámica, conservación estructural y validación de ARNlncs. Se identificaron 590 ARNlncs por al menos dos algoritmos de identificación de ARNlncs. La anotación con la base de datos PLncDB mostró 571 ARNlncs únicos y 19 ARNlncs con homología en 28 familias botánicas, incluyendo Solanaceae (19), Fabaceae (17), Brassicaceae (17), Rutaceae (17), Rosaceae (16), y Malvaceae (16), entre otras. En total, 12 ARNlncs mostraron homología en más de 40 especies. Según cuatro algoritmos de ubicación celular, el 67 por ciento de los ARNlncs se ubicaron en el citoplasma, y 33 por ciento en exosomas. La caracterización termodinámica permitió encontrar el ARNlnc S03 con una estructura secundaria estable (-105,67 kcal/mol). Esta estructura incluyó tres regiones, con un bucle con ramificaciones múltiples que contiene una horquilla con un elemento similar a la secuencia de inserción de selenocisteína (SECIS). La evaluación de la conservación estructural por Crossalign reveló similitudes parciales entre tarwi (S03) y L. lycopersicum (Solyc04r022210.1). La validación por RT-PCR demostró que S03 se sobreexpresa en condiciones de estrés por sequía y en el estadío E4 de desarrollo floral en tarwi. Finalmente, estos resultados resaltan la importancia de los ARNlncs en el mejoramiento de tarwi durante el desarrollo reproductivo y bajo sequía.Tarwi (Lupinus mutabilis) is a legume with high agronomic potential and even though its genome has not been sequenced, there is important transcriptomic information. However, long non coding RNAs (lncRNAs) have not been studied in this species. Therefore, the objective of this research was to identify lncRNAs in 12 ARN-seq libraries of L. mutabilis. Hence, a multilevel approach was used, based on lncRNA prediction, annotation, subcellular location, thermodynamic characterization, structural conservation, and validation. Thus, 590 lncRNAs were identified by at least two algorithms of lncRNA identification. Annotation with the PLncDB database showed 571 lncRNAs unique to tarwi and 19 lncRNAs with homology in 28 botanical families including Solanaceae (19), Fabaceae (17), Brassicaceae (17), Rutaceae (17), Rosaceae (16), and Malvaceae (16), among others. In total, 12 lncRNAs had homology in more than 40 species. 67 per cent of the lncRNAs were located in the cytoplasm and 33 per cent in exosomes. Thermodynamic characterization enabled the identification of S03 with a stable secondary structure ( 105.67 kcal/mol). This structure included three regions, with a multibranch loop containing a hairpin with a Selenocysteine Insertion Sequence-like (SECIS-like) element. The evaluation of the structural conservation by Crosslign revealed partial similarities between tarwi (S03) and S. lycopersicum (Solyc04r022210.1). RT-PCR validation demonstrated that S03 was upregulated under drought conditions and in the E4 stage of flower development in tarwi. Finally, these results highlighted the importance of lncRNAs in tarwi improvement during the reproductive development stage and under drought conditions.application/pdfspaUniversidad Nacional Agraria La MolinaPEinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ARNCultivo in vitroHerramientas molecularesIdentificaciónTarwiPerúhttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.04.01Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionreponame:UNALM-Institucionalinstname:Universidad Nacional Agraria La Molinainstacron:UNALMSUNEDUCiencias e Ingeniería BiológicasUniversidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de PosgradoDoctoris Philosophiae - Ciencias e Ingeniería Biológicas45584375https://orcid.org/0000-0002-0432-105007999863https://purl.org/pe-repo/renati/type#tesishttps://purl.org/pe-repo/renati/level#doctor511018Kitazono Sugahara, Ana AkemiEspejo Joya, Rosa AmeliaBlas Sevillano, Raúl HumbertoCedrid Chater, Caspar ChristianLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81664https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/59d38daa-d247-40e5-9f97-37a53fd6db9b/download97c5bee00fbb4c4f8867bd742b579336MD54TEXThidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdf.txthidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdf.txtExtracted texttext/plain162652https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/09f69113-c8f1-4695-b7f1-0b6d81280b00/download813a5fb5dfecfc3783e243f13897ebe0MD55Informe Originalidad.pdf.txtInforme Originalidad.pdf.txtExtracted texttext/plain651https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/28edfd89-7199-458d-9c5c-61c070eec328/downloada8f13b8685dc88fd1673708af45624bbMD57Autorización.pdf.txtAutorización.pdf.txtExtracted texttext/plain1808https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/b8b78f26-24a8-4635-b57a-32e01cf64514/download76e444c4606703c10dc9ef0ebe215ceeMD59THUMBNAILhidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdf.jpghidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3362https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/ef4ca7ba-82bd-4363-9a24-77a13489d937/downloada93fb67032cf92edca7937591754ab9aMD56Informe Originalidad.pdf.jpgInforme Originalidad.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2214https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/48c06243-395d-49cd-b8ca-6a8d80004094/downloadbf5fb0a6c124c7b3dc698a47b0991dd6MD58Autorización.pdf.jpgAutorización.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4341https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/d704f275-31bf-419c-856e-142fd6cb4a10/download098289da42e4abf7a56451bb40747025MD510ORIGINALhidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdfhidalgo-rodriguez-jose-ernesto-manuel.pdfTexto completoapplication/pdf3073045https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/2c01842b-6c8c-4de0-b21f-1a68c82bba19/downloadb85f9baac91232439186e9a7cbc08d2eMD51Informe Originalidad.pdfInforme Originalidad.pdfapplication/pdf9283661https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/fcdadc99-58e6-4a3f-8b44-4cd9461ab187/download6a222066be9a81f5b48e23cdb34d75d9MD52Autorización.pdfAutorización.pdfapplication/pdf947127https://repositorio.lamolina.edu.pe/bitstreams/7c09a3df-c211-46a0-ac67-2c2102365152/downloadb738d047b451c3b905485618f6c41e36MD5320.500.12996/6334oai:repositorio.lamolina.edu.pe:20.500.12996/63342024-10-17 15:38:19.271https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessopen.accesshttps://repositorio.lamolina.edu.peRepositorio Universidad Nacional Agraria La Molinadspace@lamolina.edu.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
score 12.851314
Identificación de arn no codificante de cadena larga en tarwi (Lupinus mutabilis Sweet)
Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).

Ejemplares Similares