Análisis de dinámica molecular y energía libre de interacción de la variante gamma en complejo con hACE-2

• Autor: Cavani Brain, Maurizio Martin
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2023
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/13888
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/13888
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: SARS-CoV-2; Variante Gamma; Mutaciones; Dinámica Molecular; MM-PBSA; Entropía de Interacción; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.01.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.07

A tres años del inicio de la pandemia el virus continúa evolucionando, ahora dentro del clado de la variante omicrón. A lo largo de este periodo, gracias a los esfuerzos en investigación básica y clínica, la pandemia está cediendo hacia una posible endemia. El presente artículo se realizó dentro de este marco de aprendizaje con el objetivo de generar nuevas metodologías para abordar el estudio de la estructura-función del virus SARS-CoV-2. Entre diciembre del 2020 y junio del 2021, la variante gamma trajo consigo una oleada de infecciones y decesos que azotaron a la población mundial, afectando principalmente a Sudamérica. Las mutaciones K417T, E484K y N501Y fueron previamente descritas de manera experimental dejando vacíos en cuanto al efecto que tuvieron sobre la transmisibilidad. A fin de complementar los estudios previos, con el artículo publicado objeto de este informe se abordó el efecto de las mutaciones mediante simulaciones de dinámica molecular y el análisis termodinámico de la energía libre de interacción a partir de la obtención de la energía de afinidad mediante dos métodos: (1) uno modificado para el cálculo de la contribución electrostática de MM-PBSA (“Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area”) y (2) uno propuesto por los autores para obtener la contribución por residuo de la entropía de interacción. Los resultados indican una compensación energética entre las mutaciones K417T y E484K, y la mutación N501Y comprende un efecto inesperado sobre la configuración estereoquímica del residuo Y495. Con ello, el artículo no sólo correlaciona los resultados previamente publicados, sino que expone nuevas características asociadas a la contribución particular de las mutaciones. Sumado a ello, una metodología que puede ser empleada para futuras investigaciones en el campo de la inmunobioinformática.