Caracterización genómica de Escherichia coli uropatógena proveniente de aislados clínicos de Latinoamérica

• Autor: Caballero Salazar, Francesca Nicole
• Formato: tesis de grado
• Fecha de Publicación: 2025
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/16908
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/16908
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Escherichia coli; Uropatógeno; Infección del Tracto Urinario; Genoma; Epidemiología; Filogenética; Genes de Resistencia; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.20; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.09

Introducción: Escherichia coli uropatógena (UPEC) es la principal causante de infecciones del tracto urinario (ITU) a nivel mundial, con clones de alto riesgo como ST131 y ST1193 que presentan resistencia a múltiples drogas (MDR). Estas infecciones son un problema de salud pública por su alta prevalencia y la habilidad de UPEC para evadir la respuesta inmune, adherirse a células urinarias y secretar toxinas. Sin embargo, en Latinoamérica se conoce poco sobre su diversidad genética, lo que dificulta la identificación de clones clínicamente relevantes. La secuenciación del genoma completo de aislados de UPEC en la región es clave para mejorar el manejo de estas infecciones. Objetivo: Caracterizar genéticamente aislados clínicos de UPEC en Latinoamérica a partir de genomas publicados entre el 2016 y 2024. Metodología: Se recolectaron 127 genomas de UPEC disponibles en la base de datos del NCBI, definidos por la presencia de tres a más de los genes de virulencia chuA, vat, fyuA, yfcV. Estos genomas fueron analizados mediante herramientas bioinformáticas para identificar serotipos, secuenciotipos, genes de resistencia antimicrobiana y mutaciones asociadas a la resistencia. Se llevó a cabo un análisis filogenético para determinar las relaciones entre los aislados y su agrupación en distintos grupos filogenéticos. En el proceso se desarrolló UPECfinder, una herramienta bioinformática que permite la identificación rápida y precisa de UPEC a partir de secuencias genómicas. Resultados: El clon ST131 fue el más frecuente (42.5%), seguido por ST1193 (9.9%). El filogrupo B2 fue predominante (82.7%), con una alta prevalencia del serotipo O25:H4. Se detectaron frecuentemente genes de resistencia blaTEM-1, blaCTX-M-15 y blaCTX-M-27, y mutaciones en gyrA y parC asociadas a resistencia a fluoroquinolonas, especialmente en el clon ST131. Además, todos los aislados pertenecientes al ST1193 presentaron doble mutación en el gen gyrA. Conclusión: Se resalta la alta frecuencia de clones de UPEC de alto riesgo, como ST131 y ST1193, en Latinoamérica, junto con una elevada prevalencia de genes y mutaciones asociados con MDR.