Perfil de resistencia antimicrobiana, caracterización molecular y diversidad genómica de Escherichia coli provenientes de infecciones al tracto urinario en pacientes de establecimientos de salud públicos y privados en el Perú.

• Autor: Marcos Carbajal, Pool
• Formato: tesis doctoral
• Fecha de Publicación: 2025
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/17247
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/17247
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Escherichia coli; Infecciones del Tracto Urinario; Resistencia Antimicrobiana; Virulencia; Hospitales; Perú; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.20; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.02

Las infecciones del tracto urinario (ITU) constituyen la segunda causa de enfermedades infecciosas en entornos comunitarios y hospitalarios, siendo más frecuentes en mujeres que en hombres. Escherichia coli uropatógena (UPEC, por sus siglas en inglés) coloniza el tracto urogenital y es responsable del 70-90 % de las ITU comunitarias (ITUc) y del 50 % de las ITU hospitalarias (ITUh). Además, esta cepa está incluida en la lista de enterobacterias multidrogoresistentes (MDR) de prioridad crítica, debido a su resistencia a cefalosporinas y carbapenémicos, según la Organización Mundial de la Salud (OMS). Esto representa un grave problema de salud pública tanto para Perú como para el mundo. En el primer artículo se aborda la creciente preocupación por las enterobacterias multidrogoresistentes (MDR) y productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) en pacientes ambulatorios con infecciones urinarias en tres establecimientos privados de Perú. Se realizó un análisis descriptivo en 2016, que incluyó 98 muestras de orina de pacientes de tres ciudades: Lima (costas), Juliaca (sierra) e Iquitos (selva). Se evaluó la resistencia a ocho antibióticos y la producción de betalactamasas mediante el método de Kirby-Bauer y un método confirmatorio de BLEE (CLSI). Los resultados revelaron 18 perfiles de resistencia, con un 18,4 % de aislamientos resistentes a al menos un antibiótico y un alarmante 54,0 % de aislamientos multirresistentes. La producción de BLEE se detectó en el 28,6 % de las cepas de la región de Puno, donde también se observó mayor resistencia en pacientes de 31 a 45 años, especialmente contra antibióticos como ceftazidima, ceftriaxona, gentamicina y trimetoprim-sulfametoxazol. En conclusión, se evidenció variabilidad en los perfiles de resistencia según las regiones, siendo Puno la más afectada, lo que subraya la necesidad de implementar estrategias de control y prevención en salud pública. El segundo artículo, realizado en 2018, abordó la resistencia antimicrobiana (RAM) en 70 aislamientos de Escherichia coli de pacientes con infecciones del tracto urinario en ocho hospitales públicos de provincias de Perú. La identificación y perfiles de resistencia se llevaron a cabo utilizando el sistema automatizado MicroScan® y una reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) para detectar genes relacionados con la RAM. Se encontró que el 65,7 % de los aislamientos eran multidrogoresistentes (MDR) y el 55,7 % producían BLEE. Los niveles de resistencia fueron elevados para varios antibióticos, destacando ampicilina (77,1 %), ciprofloxacina (74,3 %) y trimetoprim/sulfametoxazol (62,9 %). El gen blaTEM fue el más prevalente (31,4 %), seguido por blaCTX-M (18,6 %) y blaSHV (2,9 %). Estos resultados evidencian una preocupante resistencia a antimicrobianos en E. coli en el contexto de las ITU en ciudades de provincias peruanas. En el tercer artículo se analizó la presencia de ITU en pacientes peruanos, centrándose en aislamientos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE en el departamento de Lima. Se realizó un análisis retrospectivo de 118 muestras de orina de pacientes atendidos en dos hospitales de Lima y uno del Callao, entre abril y agosto de 2019. Los resultados mostraron que el 100 % de las bacterias aisladas eran MDR (105 de E. coli y 13 de K. pneumoniae), con una prevalencia notable de genes BLEE en el 32,2 % de los aislamientos (28,57 % en E. coli y 61,53 % en K. pneumoniae). El gen BLEE más común fue blaTEM, presente en el 45,76 % de las muestras. Además, se observó la coexistencia de genes BLEE en casi un tercio de todos los aislamientos, evidenciando que la resistencia a los antibióticos constituye una problemática real en los hospitales públicos de Lima y Callao. Finalmente, en el cuarto estudio se propuso caracterizar genéticamente aislados de UPEC en hospitales de Perú y compararlos con otros genomas de la región, recolectados entre 2018 y 2023. Se secuenciaron y ensamblaron 16 genomas de UPEC de Perú (2018-2019, publicados en los artículos 2 y 3) y se analizaron junto con los 127 genomas disponibles en la base de datos del NCBI. Se identificaron serotipos, secuenciotipos (STs), genes de resistencia y mutaciones relacionadas con la resistencia. El análisis filogenético permitió establecer relaciones entre los aislados y su agrupación en filogrupos. Los resultados mostraron que el clon ST131 fue el más prevalente (42,7 %), seguido por ST1193 (13,3 %). El filogrupo B2 predominó (83,2 %), con una alta frecuencia del serotipo O25:H4. Se encontraron genes de resistencia como blaTEM-1, blaCTX-M-15 y blaCTX-M-27, además de mutaciones en gyrA y parC, asociadas a la resistencia a fluoroquinolonas, especialmente en el clon ST131. Se destaca la alta frecuencia de clones de alto riesgo en Perú y Latinoamérica, junto con una considerable prevalencia de genes y mutaciones relacionadas con la resistencia a múltiples antimicrobianos. En conclusión, los cuatro artículos abordan de manera integral el alarmante problema de la RAM en enterobacterias, especialmente en UPEC, en el contexto de infecciones urinarias en establecimientos hospitalarios del Perú. A través de distintas metodologías microbiológicas, moleculares y genómicas, se evidencia una alta prevalencia de cepas MDR y productoras de BLEE, lo que representa un desafío importante para la salud pública. Las tasas de resistencia a antibióticos comunes son preocupantes y varían según la región y el entorno hospitalario. Además, se observa la predominancia de clones de alto riesgo (como ST131) y la coexistencia de diversos genes de resistencia. Estos hallazgos subrayan la urgencia de implementar estrategias efectivas de control y prevención, así como la necesidad de una vigilancia epidemiológica continua para enfrentar la creciente amenaza de la RAM en las infecciones urinarias en el país.