Evaluation of genomic DNA extraction methods for the identification of Leptospira spp. in bovine urine samples by PCR
Descripción del Articulo
The purpose of this study was to select for the extraction of DNA from Leptospira spp from urine samples for the diagnosis of bovine leptospirosis by PCR. Three methods of DNA extraction methods were used: Ethanol-Sodium Hydroxide (EtNa), Chelex® 100 chelating resin and the PureLink® Genomic DNA Min...
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| Formato: | artículo |
| Fecha de Publicación: | 2020 |
| Institución: | Universidad Nacional Mayor de San Marcos |
| Repositorio: | Revistas - Universidad Nacional Mayor de San Marcos |
| Lenguaje: | español |
| OAI Identifier: | oai:ojs.csi.unmsm:article/15522 |
| Enlace del recurso: | https://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/15522 |
| Nivel de acceso: | acceso abierto |
| Materia: | leptospirosis zoonosis diagnosis DNA extraction Chelex PCR diagnóstico extracción de ADN |
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Evaluation of genomic DNA extraction methods for the identification of Leptospira spp. in bovine urine samples by PCR Evaluación de métodos de extracción de ADN genómico para la identificación de Leptospira spp en muestras de orina bovina mediante por PCR |
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Evaluation of genomic DNA extraction methods for the identification of Leptospira spp. in bovine urine samples by PCR Revelo Ruales, Alexandra Paola leptospirosis zoonosis diagnosis DNA extraction Chelex PCR leptospirosis diagnóstico extracción de ADN Chelex PCR |
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The purpose of this study was to select for the extraction of DNA from Leptospira spp from urine samples for the diagnosis of bovine leptospirosis by PCR. Three methods of DNA extraction methods were used: Ethanol-Sodium Hydroxide (EtNa), Chelex® 100 chelating resin and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit commercial extraction case. The extracted DNA served for the standardization of three PCR protocols for the identification of the rrl, hap1 and rrs genes, respectively, in the AGROCALIDAD, Ecuador laboratory. A total of 72 bovine urine samples were collected from livestock farms in the province of Manabí, Ecuador. Ten positive samples were obtained by amplifying the rrl gene, which identifies the genus Leptospira. Of the genus-positive samples, eight amplified for the hap1 gene, which codes for the main outer membrane protein of pathogenic species. The agreement between the DNA extraction methods was evaluated with Chelex-100, and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit, determining a agreement of 0.74 using the Kappa index. |
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Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 31 Núm. 2 (2020); e15522 Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 31 No. 2 (2020); e15522 1682-3419 1609-9117 reponame:Revistas - Universidad Nacional Mayor de San Marcos instname:Universidad Nacional Mayor de San Marcos instacron:UNMSM |
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Evaluation of genomic DNA extraction methods for the identification of Leptospira spp. in bovine urine samples by PCREvaluación de métodos de extracción de ADN genómico para la identificación de Leptospira spp en muestras de orina bovina mediante por PCRRevelo Ruales, Alexandra PaolaDe La Torre M., EuclidesMartínez C., GaloBaquero C., MaríaCasart Q., YvethleptospirosiszoonosisdiagnosisDNA extractionChelexPCRleptospirosisdiagnósticoextracción de ADNChelexPCRThe purpose of this study was to select for the extraction of DNA from Leptospira spp from urine samples for the diagnosis of bovine leptospirosis by PCR. Three methods of DNA extraction methods were used: Ethanol-Sodium Hydroxide (EtNa), Chelex® 100 chelating resin and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit commercial extraction case. The extracted DNA served for the standardization of three PCR protocols for the identification of the rrl, hap1 and rrs genes, respectively, in the AGROCALIDAD, Ecuador laboratory. A total of 72 bovine urine samples were collected from livestock farms in the province of Manabí, Ecuador. Ten positive samples were obtained by amplifying the rrl gene, which identifies the genus Leptospira. Of the genus-positive samples, eight amplified for the hap1 gene, which codes for the main outer membrane protein of pathogenic species. The agreement between the DNA extraction methods was evaluated with Chelex-100, and the PureLink® Genomic DNA Mini Kit, determining a agreement of 0.74 using the Kappa index.El presente estudio tuvo la finalidad de seleccionar un protocolo de extracción de ADN de Leptospira spp a partir de muestras de orina para el diagnóstico de leptospirosis bovina mediante PCR. Se utilizaron tres métodos de extracción de ADN: Etanol-Hidróxido de Sodio (EtNa), resina quelante Chelex® 100 y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA Mini Kit. El ADN extraído sirvió para la estandarización de tres protocolos de PCR para la identificación de los genes rrl, hap1 y rrs, respectivamente en el laboratorio de AGROCALIDAD, Ecuador. Se colectaron 72 muestras de orina bovina procedentes de ganaderías de la provincia de Manabí, Ecuador. Se obtuvieron 10 muestras positivas mediante la amplificación del gen rrl, el cual identifica al género Leptospira. De las muestras positivas a género, ocho amplificaron para el gen hap1, el cual codifica para la principal proteína de membrana externa de especies patógenas. Se evaluó la concordancia entre los métodos de extracción de ADN con Chelex-100, y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA Mini Kit, determinándose una concordancia de 0.74 mediante el índice Kappa. El presente estudio tuvo la finalidad de optimizar un protocolo de extracción de ADN de Leptospira spp. a partir de muestras de orina de bovinos procedentes de ganaderías de los cantones de Chone y Pedernales de la provincia de Manabí, Ecuador. El ADN extraído sirvió para la estandarización de 3 protocolos de PCR en AGROCALIDAD, para lo cual, se colectaron 72 muestras de orina bovina (n=72). Se identificaron 10 excretores renales (n=10) mediante la amplificación del gen rrl, el cual identifica al género Leptospira. De las muestras positivas a género, 8 (n=8) amplificaron para el gen hap1, el cual codifica para la principal proteína de membrana externa de especies patógenas. Se evaluó la concordancia entre los métodos de extracción de ADN con Chelex-100, y el estuche de extracción comercial PureLink® Genomic DNA; y se determinó la existencia de una concordancia de 0,74 mediante el índice Kappa.Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Medicina Veterinaria2020-06-20info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/1552210.15381/rivep.v31i2.15522Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 31 Núm. 2 (2020); e15522Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 31 No. 2 (2020); e155221682-34191609-9117reponame:Revistas - Universidad Nacional Mayor de San Marcosinstname:Universidad Nacional Mayor de San Marcosinstacron:UNMSMspahttps://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/15522/15107Derechos de autor 2020 Alexandra Paola Revelo Ruales, Euclides De La Torre M., Galo Martínez C., María Baquero C., Yveth Casart Q.https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0info:eu-repo/semantics/openAccessoai:ojs.csi.unmsm:article/155222020-06-23T14:46:03Z |
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