SITUATION OF THE GENETIC DATABASE OF VERTEBRATES OF THE LORETO REGION, PERU
Descripción del Articulo
The Loreto region has the greatest geographical extension of Peru and has a mega diversity of flora and fauna that supports the development of socio-economic and cultural activities. In this study we evaluate the knowledge of the genetic database of vertebrates in Loreto. We use the gene sequence se...
Autores: | , , |
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Formato: | artículo |
Fecha de Publicación: | 2018 |
Institución: | Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruana |
Repositorio: | Folia Amazónica |
Lenguaje: | español |
OAI Identifier: | oai:ojs.pkp.sfu.ca:article/442 |
Enlace del recurso: | https://revistas.iiap.gob.pe/index.php/foliaamazonica/article/view/442 |
Nivel de acceso: | acceso abierto |
Materia: | Amazonía conservación ecosistemas especies genes Amazon conservation ecosystems species |
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SITUATION OF THE GENETIC DATABASE OF VERTEBRATES OF THE LORETO REGION, PERUSITUACIÓN ACTUAL DE LA BASE DE DATOS GENÉTICOS DE VERTEBRADOS DE LA REGIÓN LORETO, PERÚROJAS ZAMORA, Rommel RobertoCASTRO, Juan C.GARCÍA-DÁVILA, CarmenAmazoníaconservaciónecosistemasespeciesgenesAmazonconservationecosystemsspeciesgenesThe Loreto region has the greatest geographical extension of Peru and has a mega diversity of flora and fauna that supports the development of socio-economic and cultural activities. In this study we evaluate the knowledge of the genetic database of vertebrates in Loreto. We use the gene sequence search implemented in the R rentrez package, we organize and compare the quantity of sequences in different taxonomic levels of each order of vertebrates, most used genes and existence of genetic sequences for species of commercial interest and for conservation. Our results indicate the existence of 1 960 genetic sequences deposited in the GenBank, of which 38,52% belong to the Fish; 29,33% are amphibians; 21,98% birds; 8,92% mammals and 1,22% reptiles. Our results estimates that only 19,44% of vertebrate species in Loreto have genetic data. The genes most used for these analyzes varied in abundance depending on the group of vertebrates. All species of commercial and conservation interest did not present genetic data. The general panorama of the genetic database of the Loreto region is indispensable for its integration with ecological-evolutionary studies and the elaboration of sustainable management and conservation plans.La región Loreto presenta la mayor extensión geográfica del Perú y posee una megadiversidad de especies de flora y fauna que da soporte al desarrollo de actividades socioeconómicas y culturales. En este estudio actualizamos el conocimiento de la base de datos genéticos de vertebrados existentes en Loreto. Utilizamos el buscador de secuencias genéticas implementado en el paquete rentrez del programa R, organizamos y comparamos la cantidad de secuencias en diferentes niveles taxonómicos de cada orden de vertebrados, genes más empleados y verificamos la existencia de secuencias genéticas para especies de interés comercial. Los resultados indican la existencia de 1 960 secuencias genéticas depositadas en GenBank, de los cuales 38,52% pertenecen a la Clase Peces; 29,33% son anfibios; 21,98% aves; 8,92% mamíferos y 1,22% reptiles. Estimamos que solo el 19,44% de especies de vertebrados en Loreto poseen datos genéticos. Los genes más usados variaron en abundancia dependiendo del grupo de vertebrados. La mayoría de las especies de interés comercial no presentaron datos genéticos. Conocer el panorama de la base de datos genéticos de la región Loreto es indispensable para su integración con estudios ecológicos-evolutivos y la elaboración de planes de manejo y desarrollo sustentable.Instituto de Investigaciones de la Amazonia Peruana2018-12-28info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionArticlesArtículosapplication/pdfhttps://revistas.iiap.gob.pe/index.php/foliaamazonica/article/view/44210.24841/fa.v27i2.442Folia Amazonica; Vol. 27 No. 2 (2018); 151-162Folia Amazónica; Vol. 27 Núm. 2 (2018); 151-162Folia Amazónica; v. 27 n. 2 (2018); 151-1622410-11841018-567410.24841/fa.v27i2reponame:Folia Amazónicainstname:Instituto de investigaciones de la Amazonía Peruanainstacron:IIAPspahttps://revistas.iiap.gob.pe/index.php/foliaamazonica/article/view/442/522Derechos de autor 2019 Rommel Roberto ROJAS ZAMORA, Juan C. CASTRO, Carmen GARCÍA-DÁVILAinfo:eu-repo/semantics/openAccessoai:ojs.pkp.sfu.ca:article/4422025-04-15T18:12:20Z |
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The Loreto region has the greatest geographical extension of Peru and has a mega diversity of flora and fauna that supports the development of socio-economic and cultural activities. In this study we evaluate the knowledge of the genetic database of vertebrates in Loreto. We use the gene sequence search implemented in the R rentrez package, we organize and compare the quantity of sequences in different taxonomic levels of each order of vertebrates, most used genes and existence of genetic sequences for species of commercial interest and for conservation. Our results indicate the existence of 1 960 genetic sequences deposited in the GenBank, of which 38,52% belong to the Fish; 29,33% are amphibians; 21,98% birds; 8,92% mammals and 1,22% reptiles. Our results estimates that only 19,44% of vertebrate species in Loreto have genetic data. The genes most used for these analyzes varied in abundance depending on the group of vertebrates. All species of commercial and conservation interest did not present genetic data. The general panorama of the genetic database of the Loreto region is indispensable for its integration with ecological-evolutionary studies and the elaboration of sustainable management and conservation plans. |
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