Análise comparativa de regiões microssintênicas entre Passiflora edulis e as Malpighiales Populus trichocarpa e Manihot esculenta

• Autor: Egoávil Reátegui, Alina del Carmen
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2019
• Institución: Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria
• Repositorio: Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI
• Lenguaje: portugués
• OAI Identifier: oai:repositorio.sunedu.gob.pe:20.500.14366/5619
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.14366/5619
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Passiflora edulis; Microsintenia; Malpighiales; Genómica comparativa; Manihot esculenta; Populus trichocarpa; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.00.00

Secuencias ricas en genes de Passiflora edulis (2n = 18) fueron comparadas con secuencias de Populus trichocarpa (2n = 38) y Manihot esculenta (2n = 36). Se seleccionaron 35 insertos BACs de P. edulis y se realizaron alineamientos de secuencias (BLASTN). Para la identificación de elementos transponibles (TEs) en los espacios intergénicos, se utilizó el pipeline de REPET. En total, 32 insertos BACs de P. edulis mostraron microsintenia, 28 con P. trichocarpa y 25 con M. esculenta. El mayor grado de sintenia se encontró entre el inserto Pe173B16 de trichocarpa (29 ortólogos), y entre el inserto Pe185D11 de P. edulis P. edulis y el cromosoma 12 de y el cromosoma 9 de M P. . esculenta (27 ortólogos). Se identificaron 517 (TEs), de los cuales 248 en M. esculenta, 244 en P. trichocarpa y sólo 25 en P. edulis distribuidos en 17 regiones microsinténicas. Los retrotransposones (clase I) fueron la clase predominante en las tres especies, destacando el orden LTR. Se concluye que, existe un mayor grado de microsintenia entre P. edulis y P. trichocarpa. La compactación génica es mayor en P. edulis debido al mayor número de elementos repetitivos en los espacios intergénicos de P. trichocarpa y M. esculenta.